Academic Positions

  • Associate professor2013

    Department of Animal Sciences

  • Associate professor2015

    Department of Animal Sciences

Educations

  • -0001Bachelor of Science

    Agricultural Engineering - Animal Science (Animal Physiology)

    Sistan and Baluchistan

  • -0001Master of Science

    Animal Science

    Tarbiat Modarres University

  • -0001Ph.D

    animal gene interbreeding

    Tarbiat Modarres University

Executives

Favouriates

Filter by type:

Sort by year:

Response surface of dietary energy and protein in Japanese quail from 7 to 14 days of age

,,MEHRAN MEHRI,Mohammad Rokouei
ثبت نشده , ثبت نشده , Year : 2012 , Pages: 2958-2962, ISSN: Journal Paper

Abstract

برآورد پارامترهاي زنتيكي برخي صفات توليد مثلي وارتباط آنها باتوليد شير ومقدار چربي درگاوهاي هلشتاين ايران

محمد رکوعی,,,محمد باقر صياد نزاد
ثبت نشده ، ثبت نشده ، سال : ثبت نشده ، صفحات : 53-61، شاپا: مقاله در مجله

چکیده

اثر هم خوني برپارامترهاي ژنتيكي صفات توليدي وتوليد مثل وروند ارزشهاي اصلاحي گاوهاي هلشتاين ايران

محمد رکوعی,رسول واعظ ترشيزي,محمد مرادي شهربابك,مهدي سرگلزايي,اندرس سورنس كريستين
ثبت نشده ، ثبت نشده ، سال : 2011 ، صفحات : 7-11، شاپا: مقاله در مجله

چکیده

برآورد روند ژنتيكي توليد شير در گاوهاي هلشتاين

محمد رکوعی,حسین مهربان,حميدرضا ميرزايي,همايون فرهنگ فر,حسين علي سلطاني
ثبت نشده ، ثبت نشده ، سال : 2007 ، صفحات : 265-272، شاپا: مقاله در مجله

چکیده

The Estimation of genetic parameters for growth and wool traits in Kkermani sheep

نجمه كارگر,حسين مجوزي,محمد رکوعی,م مرادي شهربابك
ثبت نشده ، ثبت نشده ، سال : 2007 ، صفحات : 88-95، شاپا: مقاله در مجله

چکیده

Genetic analysis of milk production traits by using multiple-traits animal model in Holstein cows of Khorasan province

حسین نعیمی پور یونسی,ح فرهنگ فر,م صيادنژاد,محمد رکوعی
ثبت نشده ، ثبت نشده ، سال : 2007 ، صفحات : 247-257، شاپا: مقاله در مجله

چکیده

Estimation of genetic trends for production traits of Holstein cattle in Markazi province

.... رضوي,... وطن خواه,.... ميرزايي,محمد رکوعی
ثبت نشده ، ثبت نشده ، سال : 2007 ، صفحات : 0-0، شاپا: مقاله در مجله

چکیده

Genetic parameter estimates for growth and composite reproduction traits in Zandi sheep breed

علي داديان,ر ترشيزي,محمد رکوعی
ثبت نشده ، ثبت نشده ، سال : 2008 ، صفحات : 0-0، شاپا: مقاله در مجله

چکیده

Genetic and Phonotypic Trends for Somatic Cell Score and Determination of Effective Environmental Factors on this Trait in Iranian Holstein Cows

آ فرجي,ع اسلامي نژاد,محمد رکوعی
ثبت نشده ، ثبت نشده ، سال : 2012 ، صفحات : 0-0، شاپا: مقاله در مجله

چکیده

Inbreeding and Inbreeding Depression in Iranian Moghani Sheep Breed

م درستكار,ح فرجي,ج شادجا,ح اسفندياري,Mohammad Rokouei
ثبت نشده , ثبت نشده , Year : 2010 , Pages: 549-556, ISSN: Journal Paper

Abstract

Monitoring inbreeding trend and inbreeding depression for economically important traits of Holstein cattle in Iran

ر ترشيزي,م مرادي,م سرگلزايي,ا سورنسن,Mohammad Rokouei
ثبت نشده , ثبت نشده , Year : 2010 , Pages: 3294-3302, ISSN: Journal Paper

Abstract

مطالعه چندشكلي ژن ميواستاتين وتأثير آن بر صفات رشد در گوسفند لري

غلامرضا داشاب,فاطمه بهرام زاده,,محمد رکوعی,صادق عبداللهي
ايران ، پژوهشهای علوم دامی ایران ، سال : ثبت نشده ، صفحات : 374-380، شاپا: ۲۰۰۸-۳۱۰۶ مقاله در مجله

چکیده

استفاده از شبیه سازی تصادفی برای تعیین برنامۀ به گزینی مناسب در گاو نژاد سیستانی

غلامرضا داشاب,فاطمه میر,محمد رکوعی,هادی فرجی آروق
ايران ، تولیدات دامی ، سال : 2016 ، صفحات : 161-170، شاپا: 2009-6776 مقاله در مجله

چکیده

هدف از انجام تحقیق حاضر، کمک به طراحی برنامۀ به‏گزینی پایه برای گاوهای سیستانی با استفاده از شبیه‏سازی تصادفی بود. بدین‏منظور سه اندازۀ جمعیت (500، 1000، و 2000 رأس)، سه سطح تعداد گله (5، 10، و 20)، دو سطح شدت انتخاب (زیاد و کم)، و دو سطح روش آمیزش (تصادفی و حداقل هم‏تباری) با هم ترکیب و درمجموع 36 راهبرد در مدت 30 سال شبیه‏سازی مقایسه شد. نتایج نشان داد که اثر همۀ عوامل بر پیشرفت ژنتیکی سالانه برای شایستگی کل، پیشرفت ژنتیکی سالانۀ وزن تولد (به استثنای روش آمیزش و شدت انتخاب) و وزن یک‏سالگی، تغییر سالانۀ هم‏خونی (به استثنای تعداد گله)، فاصلۀ نسل (به استثنای روش آمیزش و شدت انتخاب)، و صحت انتخاب نرها و ماده‏ها معنی‏دار بود (01/0P<). پیشرفت ژنتیکی سالانه در حالت شدت انتخاب زیاد، اندازۀ جمعیت 2000، و تعداد گلۀ کم (5 گله) در مقایسه با شدت انتخاب کم، اندازۀ جمعیت 500، و تعداد گلۀ بیشتر (20 گله) به‌ترتیب 5/8، 2/93، و 38درصد بیشتر بود. در آمیزش با حداقل هم‏تباری باوجود کمتربودن پیشرفت ژنتیکی (11درصد)، افزایش سالانۀ هم‏خونی در مقایسه با آمیزش تصادفی کمتر بود. نتایج تحقیق نشان می‏دهد که در برنامه‏های به‏گزینی گاو سیستانی باید تعداد گلۀ کم، اندازۀ جمعیت بزرگ، و شدت انتخاب زیاد باشد و برای کنترل هم‏خونی جمعیت، آمیزش با روش حداقل هم‏تباری انجام گیرد.

Applying bayesian population assessment models to artisanal, multispecies fisheries in the Northern Mokran Sea, Iran

mahmoud ahmadpour borazjani,,,Mohammad Rokouei,Abdoul Ahad Cissé
Bulgaria , Nature Conservation , Year : 2018 , Pages: 61-89, ISSN:6947-1314 Journal Paper

Abstract

Small-scale fisheries substantially contribute to the reduction of poverty, local economies and food safety in many countries. However, limited and low-quality catches and effort data for small-scale fisheries complicate the stock assessment and management. Bayesian modelling has been advocated when assessing fisheries with limited data. Specifically, Bayesian models can incorporate information of the multiple sources, improve precision in the stock assessments and provide specific levels of uncertainty for estimating the relevant parameters. In this study, therefore, the state-space Bayesian generalised surplus production models will be used in order to estimate the stock status of fourteen Demersal fish species targeted by small-scale fisheries in Sistan and Baluchestan, Iran. The model was estimated using Markov chain Monte Carlo (MCMC) and Gibbs Sampling. Model parameter estimates were evaluated by the formal convergence and stationarity diagnostic tests, indicating convergence and accuracy. They were also aligned with existing parameter estimates for fourteen species of the other locations. This suggests model reliability and demonstrates the utility of Bayesian models. According to estimated fisheries’ management reference points, all assessed fish stocks appear to be overfished. Overfishing considered, the current fisheries management strategies for the small-scale fisheries may need some adjustments to warrant the long-term viability of the fisheries.

پیش‌بینی مؤلفه‌های (کو)واریانس ژنتیکی فراسنجه‌های منحنی رشد در یک جمعیت آمیختۀ بلدرچین ژاپنی

هادی فرجی آروق,خدیجه ابراهیمی,غلامرضا داشاب,محمد رکوعی
ايران ، علوم دامی ایران ، سال : 2018 ، صفحات : 237-246، شاپا: 2008-4773 مقاله در مجله

چکیده

هدف از این بررسی، پیش¬بینی مؤلفه¬های (کو)واریانس و فراسنجه¬های ژنتیکی منحنی رشد در یک جمعیت آمیخته بلدرچین ژاپنی بود. برای این منظور، رکوردهای وزن بدن با منحنی گمپرتز برازش و فراسنجه¬های منحنی برآورد شد. با استفاده از این منحنی، وزن بلوغ (Wf)، وزن جوجه نوزاد یا هچ (W0)، شاخص بلوغ (K)، سن (ti) و وزن (Wi) در نقطه عطف و نرخ رشد در روزهای مختلف برای همه پرندگان پیش¬بینی شد. پیش¬بینی مؤلفه¬های (کو)واریانس و فراسنجه¬های ژنتیکی با استفاده از مدل حیوانی چند صفته با نمونه¬گیری گیبس انجام شد. وراثت¬پذیری فراسنجه¬های منحنی رشد شامل وزن بلوغ (Wf)، وزن جوجه نوزاد (W0)، شاخص بلوغ (K)، وزن و سن در نقطه عطف، به ترتیب برابر با ۳۳۵/۰، 269/۰، 273/۰، 291/۰ و 397/۰ پیش¬بینی شد. همچنین، وراثت¬پذیری صفات نرخ رشد دوره¬ای از نوزادی تا ۴۵ روزگی بالا و در دامنه بین 311/۰ و 424/0 محاسبه شد. همبستگی ژنتیکی وزن جوجه نوزاد با شاخص بلوغ و وزن بلوغ مثبت بود (۱۴/۰ و ۲۴/۰)، اما همبستگی ژنتیکی وزن جوجه نوزاد با سن و وزن در نقطه عطف منفی (۲۴/۰- و ۱۲/۰-) بود. همبستگی ژنتیکی شاخص بلوغ با وزن جوجه نوزاد، وزن بلوغ، سن و وزن در نقطه عطف منفی بودند. همبستگی ژنتیکی شاخص بلوغ با صفات نرخ رشد در سنین آغازین مثبت (برای صفات آخر دوره متوسط و منفی) پیش¬بینی شد. شاخص وزن در نقطه عطف، همبستگی ژنتیکی مثبت با بیشتر صفات نرخ رشد داشت و روند تغییرپذیری آن ها از آغاز تا پایان دوره رشد افزایشی بود.

برازش منحنی های رشد در آمیخته های دی آلل بلدرچین ژاپنی و مقایسه الگوهای رشد آمیخته ها

هادی فرجی آروق,خدیجه ابراهیمی,غلامرضا داشاب,محمد رکوعی
ايران ، پژوهش های تولیدات دامی ، سال : 2018 ، صفحات : 110-122، شاپا: ۲۲۵۱-۸۶۲۲ مقاله در مجله

چکیده

بخش قابل توجهی از عملکرد رشد در پرندگان نتیجه­ اثرات ترکیبی ژن­ها است که تغییرات آنها نیازمند طراحی یک سیستم مطلوب جفتگیری جهت استفاده از توانایی ترکیبی عام و خاص ژن­ها است. هدف از مطالعه حاضر بررسی الگوهای رشد ترکیبی چهار سویه مختلف بلدرچین ژاپنی در یک سیستم تلاقی دی آلل جزئی بود. برای این منظور، چهار سویه خالدار ایتالیایی (A)، تکسدو (B)، وحشی (C) و ای ام تگزاس (D) در یک طرح تلاقی دی­آلل کراس جزئی جهت تولید ترکیب­های ژنی مختلف در طی چهار نسل استفاده شد. چهار تابع گمپرتز، ریچارد، لجستیک و ویبول برای رکوردهای وزنی ترکیبات مختلف برازش شدند مناسب­ترین تابع برای هر ترکیب توسط معیارهای نکویی برازش انتخاب گردید. سپس فراسنجه ­های تابع و الگوهای رشد حاصل از مناسب­ترین تابع بین ترکیب­ها مورد مقایسه قرار گرفت. نتایج معیار­های برازش نکویی نشان داد که تابع گمپرتز مناسب­ترین تابع برای ترکیب­های دوتایی AB، BA، CD و DC و ترکیب­های برگشتی ABCD-DCBA، DCBA-ABCD و تابع ویبول مناسب ­ترین تابع برای ترکیب­ های چهارتایی ABCD و DCBA جهت توصیف رشد بودند. سال و ماه جوجه­ درآوری بر تمامی الگوهای رشد اثر معنی ­دار داشتند. همچنین، اثر ترکیب­­های مختلف ژنی بر وزن ابتدایی، وزن نهایی، سن و وزن در نقطه عطف و وزن یک­روزگی معنی­دار بود (05/0>p). اثر جنس پرنده به­جز در وزن نهایی ۴۵ روزگی در سایر فراسنجه‌های منحنی معنی­ دار نبود (۰۵/۰p>). ترکیب DC بالاترین وزن ابتدایی و نهایی، سن و وزن در نقطه عطف را نسبت به سایر ترکیب­ها داشت. ترکیب­ های چهار­تایی به­ خصوص ترکیب DCBA بالاترین وزن نهایی، وزن 45 روزگی و نرخ رشد 45 روزگی، اما پایین­ ترین نرخ بلوغ را داشت. سن و وزن در نقطه عطف ترکیب DCBAدر بین سایر ترکیب­ ها در حد متوسط بود و عملکرد بهتری نسبت به سایر آمیخته ­ها داشت که می­ تواند به­ دلیل بیشترین مقدار هتروزیس در این ترکیب باشد.

برآورد همبستگی ژنتیکی بین سخت‌زایی با صفات تولیدی، تولید مثل و وزن تولد در گاوهای هلشتاین ایران با استفاده از مدل خطی آستانه‌ای بیزی

هادی فرجی آروق,مهدیه رخشانی نژاد,محمد رکوعی,مریم صفدری شاهرودی
ايران ، پژوهشهای علوم دامی ایران ، سال : 2017 ، صفحات : 255-267، شاپا: ۲۰۰۸-۳۱۰۶ مقاله در مجله

چکیده

گوساله‌زایی یک رویداد مهم در هر گله است که به هنگام سخت بودن زایمان با عوارض اقتصادی و رفاهی حیوان همراه است. هدف از این تحقیق برآورد همبستگی ژنتیکی و محیطی بین سخت‌زایی با صفات تولیدی (تولید شیر، چربی و پروتئین ۳۰۵ روز شیردهی)، تولید مثلی (فاصله گوساله‌زایی، فاصله زایش تا اولین تلقیح و فاصله اولین سرویس تا تلقیح منجر به آبستنی) و وزن تولد در گاوهای هلشتاین ایران با مدل خطی – آستانه‌ای بیزی بود. به این منظور، داده‌های جمع‌آوری شده بین سال‌های ۱۳۶۸ تا ۱۳۹۱ توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور مورد استفاده قرار گرفت. سخت‌زایی (به‌عنوان صفت آستانه‌ای) با صفات دیگر (صفات خطی) به‌صورت تجزیه و تحلیل دو صفتی توسط نمونه‌گیری گیبس با استفاده از نرم افزار DMU مورد تجزیه‌ و تحلیل قرار گرفت. همبستگی ژنتیکی سخت‌زایی با تولید شیر، پروتئین و فاصله اولین سرویس تا تلقیح منجر به آبستنی منفی و با بقیه صفات مثبت به دست آمد. بالاترین همبستگی ژنتیکی بین سخت‌زایی با وزن تولد و فاصله اولین سرویس تا تلقیح منجر به آبستنی برآورد شد (به ترتیب ۵۱۶/۰ و ۴۰۶/۰-). همبستگی محیطی بین سخت‌زایی و صفات تولید منفی (۰۱۶/۰- تا ۰۱۹/۰-) و برای بقیه صفات مثبت با مقادیر ناچیز بود. نتایج نشان می‌دهد وزن بالای تولد گوساله منجر به بالا بودن سخت‌زایی شده و از طرف دیگر، افزایش سخت‌زایی منجر به افزایش فاصله زایش تا اولین تلقیح و کاهش فاصله اولین سرویس تا تلقیح منجر به آبستنی می‌شود.

برآورد پارامترها و روند ژنتیکی برای صفات وزن بدن در سنین تولد تا یک‌سالگی گوسفند کردی خراسان شمالی

هادی فرجی آروق,محدثه نامور,غلامرضا داشاب,محمد رکوعی,داوود علی ساقی
ايران ، تولیدات دامی ، سال : 2017 ، صفحات : 281-298، شاپا: 2009-6776 مقاله در مجله

چکیده

این تحقیق با هدف مقایسه مدل­های مختلف برای برآورد پارامترهای ژنتیکی مستقیم و مادری و همچنین برآورد روند ژنتیکی برای صفات وزن بدن گوسفند کردی شمال خراسان انجام شد. از رکوردهای وزن تولد (7345 رکورد)، وزن سه (5905 رکورد)، شش (5294 رکورد)، نه (3800 رکورد) و یکسالگی (3863 رکورد) در طی سال­های 1368 تا 1391 که توسط مرکز اصلاح نژاد شهرستان شیروان جمع­آوری شده بود، استفاده گردید. برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات مختلف با شش مدل دام و نرم­افزار ThrGibbsf90انجام گرفت. بهترین مدل با استفاده از معیار انحراف اطلاعات (DIC) انتخاب شد. وراثت­پذیری مستقیم صفات وزن تولد، سه، شش، نه و یکسالگی به ترتیب (0007/0±)172/0، (0007/0(±257/0، (0006/0(±351/0، (0007/0(±120/0 و (0009/0(±131/0 بودند.اثر ژنتیکی مادری برای صفات وزن تولد، سه و شش ماهگی معنی­دار بود (01/0P<) و نسبت واریانس محیط دائمی مادری به واریانس فنوتیپی از 055/0 (یکسالگی) تا 186/0 (تولد) متفاوت بود. اگر­چه مقادیر وراثت­پذیری مادری وزن بدن در سنین بیشتر از وزن تولد کمتر بود، ولی برازش اثرات تصادفی مادری (ژنتیک افزایشی و محیطی دائمی مادر) در مدل دام سبب برآورد دقیق­تر پارامترهای ژنتیکی صفات مورد بررسی گردید. روند فنوتیپی صفات وزن تولد، سه، شش، نه و یک سالگی به ترتیب 4/8، 6/74، 3/8، 3/54 و 25/78 گرم در سال و روند ژنتیکی مستقیم برای این صفات به ترتیب 07/0-، 2/14، 9/21-، 7/13 و 9/24 گرم در سال برآورد شد. بنابراین، نتایج برآوردهای بیزی نشان داد که قابل اعتمادتر از روش­های آماری مرسوم هستند.

برازش توابع غیرخطی برای توصیف منحنی تولید کوتاه مدت تخم در بلدرچین ژاپنی

هادی فرجی آروق,راضیه رحیم زاده,محمد رکوعی,علی مقصودی,بهروز کشته گر
ايران ، تولیدات دامی ، سال : 2017 ، صفحات : 299-310، شاپا: 2009-6776 مقاله در مجله

چکیده

هدف از این تحقیق، برازش بهترین تابع برای منحنی تولید تخم طی 13 هفته بلدرچین ژاپنی بود. بدین منظور، رکوردهای هفتگی و انفرادی تولید تخم 314 بلدرچین ژاپنی برای برازش توابع استفاده شد. توابع لجستیک غیرخطی، گامای ناقص، گامای تصحیح شده، لخورست، ناروشین تاکما دو، جزء به جزء و لجستیک نلدر با نرم­افزار R برازش شد. برای انتخاب بهترین تابع از معیارهای میانگین مربعات خطا، معیار آکائیک و معیار اطلاعات بیزی استفاده شد. نتایج نشان داد که تابع ناروشین تاکما دو (کمترین میانگین مربعات خطا، معیار آکائیک و معیار اطلاعات بیزی) و تابع جزء به جزء (بیشترین میانگین مربعات خطا، معیار آکائیک، معیار اطلاعات بیزی) به ترتیب مناسب­ترین و نامناسب­ترین تابع برای توصیف منحنی تولید تخم بلدرچین­ها بودند. بیشترین همبستگی (953/0) بین مقادیر پیش­بینی شده تعداد تخم با استفاده از توابع برازش شده و مقدار واقعی مربوط به تابع ناروشین تاکما دو بود. نتایج حاصل از مقایسات توابع و همبستگی­های حاصل نشان می­دهد که تابع ناروشین تاکما دو بهتر از سایر توابع مورد مطالعه در این تحقیق، تولید کوتاه مدت تخم بلدرچین ژاپنی را توصیف می­کند و از این تابع می­توان برای پیش­بینی توان تولید کوتاه مدت بلدرچین ژاپنی استفاده نمود.

تعیین اهداف اصلاحی و ضرایب اقتصادی بز عدنی در سیستم پرورش مرتعی

هادی فرجی آروق,سیدابوطالب صادقی,محمد رکوعی,مهدی وفای واله,مختار علی عباسی
ايران ، پژوهش در نشخوارکنندگان ، سال : 2018 ، صفحات : 21-34، شاپا: 2345-4253 مقاله در مجله

چکیده

سابقه و هدف: افزایش سوددهی هر واحد تولیدی، مهمترین راهکار برای افزایش قدرت رقابت آن در همه زمینه‏ها و از جمله دامپروری می‏باشد. اولین قدم در طراحی برنامه‏های اصلاح نژاد دام، تصمیم‏گیری در مورد اهداف اصلاحی مناسب بوده و بزرگ‏ترین عامل در ناکارآمد بودن برنامه‏های اصلاح نژاد دام، عدم تبیین صحیح اهداف اصلاحی است. بنابراین تعیین اهداف اصلاحی و ضرایب اقتصادی صفات مهم در بز عدنی که یکی از دام‏های مهم نوار ساحلی خلیج فارس است، کمک زیادی برای اصلاح نژاد این دام خواهد کرد. مواد و روش‏ها: در این مطالعه از یک مدل ثابت قطعی که فرض می‏کند تنوعی در میان حیوانات برای صفات مهم مورد استفاده در محاسبه ضرایب اقتصادی وجود ندارد، استفاده گردید. به منظور برآورد پارامترهای مورد نیاز (جمعیتی، تولیدی، تولیدمثلی، مدیریتی و اقتصادی)، به مدت یک سال کامل تولید (از ابتدای شهریور 95 تا ابتدای شهریور 96)، تعداد 7 گله بز عدنی با 920 رأس بز مولد تحت رکوردگیری مستقیم قرار گرفتند. با تشکیل معادلات سود و تغییر صفات به اندازه یک درصد یا یک واحد، در حالی که میانگین سایر صفات در حد میانگین جمعیت ثابت بودند، ضرایب اقتصادی صفات محاسبه گردید. وزن اقتصادی صفات به ازاء یک انحراف معیار ژنتیکی افزایش در صفت مربوطه در حالی که سایر صفات در حد میانگین ثابت نگه داشته شدند، محاسبه شد. برای مقایسه صحیح ضرایب اقتصادی صفت‏ها، اهمیت نسبی آنها تعیین شد. یافته‏ها: نتایج این تحقیق نشان داد که بیشترین درآمد، سهم فروش بزغاله و شیر و بیشترین هزینه سهم مدیریت و کارگری بود. صفاتی که جزء اهداف اصلاحی بز عدنی به دست آمدند شامل میزان بزغاله‏زایی، تعداد زایش در سال، تعداد بزغاله متولد شده در هر زایش، وزن فروش بزغاله در 12 ماهگی، میزان آبستنی، زنده‏مانی بزغاله تا شیرگیری، زنده‏مانی بز مولد، زنده‏مانی از شیرگیری تا فروش، شیر تولیدی، وزن بلوغ بزهای مولد و میزان دوقلوزایی با ضرایب اقتصادی به ترتیب 7/22، 5/17، 8/12، 1/12، 1/10، 8/9، 9، 6/4، 9/1، 7/0-، 3/0 بودند. نتیجه‏گیری: در بز عدنی صفات تولیدمثلی، ماندگاری و تولیدی به ترتیب دارای بیشترین اهمیت هستند. با توجه به شرایط حاکم بر سیستم پرورش این دام، صفات تعداد زایش در سال، میزان بزغاله‏زایی، تعداد بزغاله متولد شده در هر زایش، وزن فروش بزغاله در 12 ماهگی، میزان آبستنی، زنده‏مانی بزغاله تا شیرگیری، زنده‏مانی بز مولد، زنده‏مانی از شیرگیری تا فروش و شیر تولیدی به ترتیب از مهمترین صفات هستند و باید در برنامه‏های اصلاح نژاد بز عدنی مورد توجه بیشتری قرار گیرند.

Bayesian analysis of genetic parameters for early growth traits and humoral immune responses in Japanese quail

Hadi Faraji-Arough,,ali maghsoodi,Farzad Bagherzadeh Kasmani,Mohammad Rokouei
Netherlands , Livestock Science , Year : 2018 , Pages: 0-0, ISSN:1871-1413 Journal Paper

Abstract

The aim of this study was to estimate genetic parameters of early growth performances and humoral immune responses (antibody titers against sheep red blood cells (SRBC) and Newcastle Disease Virus (NDV)) in Japanese quail. For this purpose, a total of 10,923 records of early growth traits including body weights (BW) at 0, 5, 10, 15 and 20 d old and body weight gain (BWG) between 0–5, 5–10, 10–15 and 15–20 days, and 2,314 records of humoral immune responses were used to estimate genetic parameters through multiple-trait Bayesian analyses. The estimates of heritability of BW and BWG traits were 0.14 to 0.28 and 0.08 to 0.10, respectively. The range of genetic and phenotypic correlations for BW traits varied from 0.63 to 0.98 and 0.17 to 0.89, respectively. Furthermore, estimates of genetic and phenotypic correlations for BWG traits at different ages were in the range of 0.46 to 0.86 and 0.12 to 0.46, respectively. Heritability estimates of total antibody titer (AbT), titer of immunoglobulin Y (IgY) and titer of immunoglobulin M (IgM) against SRBC were 0.21, 0.24 and 0.20, respectively, but h2 of antibody titer against NDV (AbNDV) was lower than those of estimated for SRBC antigen (h2 = 0.17). Genetic correlations between antibody titers against SRBC and NDV were similar (0.42 − 0.46). Genetic correlations were positive only for IgM with BW traits, however, estimates of genetic correlation between BW traits at different ages with AbT and IgY were negative and moderate (−0.30 to −0.66), and with AbNDV were negative and low (−0.13 to −0.25). Like BW traits, genetic and phenotypic correlations between AbT and IgY titers and BWG traits were negative and varied from −0.21 to −0.72, while genetic correlations of BWG traits with IgM and AbNDV titers were both positive (0.11 to 0.27 and 0.23 to 0.31, respectively). It is suggests that selection to improved BW and BWG traits may lead to decline of humoral immune responses in Japanese quail. However, improvement of BW and BWG traits and humoral immune responses would be possible through selection for IgM titers against SRBC due to its high and positive genetic correlation with growth traits.

ارزیابی مقایسه ای برخی توابع ریاضی در توصیف منحنی شیردهی گاوهای شیری ایران

هادی فرجی آروق,مریم آرین فر,محمد رکوعی,غلامرضا داشاب
ايران ، تولیدات دامی ، سال : 2018 ، صفحات : 351-363، شاپا: 2009-6776 مقاله در مجله

چکیده

هدف از این تحقیق، مقایسه برخی توابع غیرخطی (وود، دها­نوا، ویلمینک، علی- شفر، کاپیو­بورلینو، کوبی- لیدو، دایجکسترا، روک، گوس و نلدر) برای توصیف منحنی تولید شیر سه دورۀ شیردهی گاوهای هلشتاین ایران بود. به‌ترتیب از 6079976، 4879486 و 3312416 رکورد روزآزمون شیر 3550 گله مربوط به سه دورۀ شیردهی اول، دوم و سوم که بین سال­های 1362 تا 1396 توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور جمع‌آوری شده بود، استفاده گردید. میانگین رکوردهای روزآزمون برای این سه دوره به‌ترتیب 17/31، 08/34 و 83/33 کیلوگرم بود. جهت برازش توابع غیرخطی از بسته نرم­افزاری nlmeنرم­افزار R (نسخه 3.4.3) استفاده شد. توابع غیرخطی توسط چهار معیار نکویی برازش شامل معیار اطلاعات آکائیک (AIC)، معیار اطلاعات بیزی (BIC)، جذر میانگین مربعات خطا (RMSE) و شاخص دوربین- واتسون (DW) با هم مقایسه شدند. تابع روک نسبت به سایر توابع برازش بهتری از شکل منحنی استاندارد تولید شیر سه دورۀ اول شیردهی گاوهای هلشتاین ایران نشان داد. توابع گوس و روک بالاترین دقت را در پیش­بینی زمان رسیدن به اوج تولید، میزان تولید شیر در اوج و تداوم تولید شیر در دوره­های مختلف شیردهی نشان دادند امّا در کل، تابع روک قدرت پیش­بینی­ بالایی در برآورد توصیف­کننده­های منحنی تولید شیر داشت. بنابراین بهتر است جهت برازش منحنی تولید شیر گاوهای هلشتاین ایران از این تابع استفاده شود.

Estimation of additive and non-additive genetic variances of body weight in crossbreed populations of the Japanese quail

,ٖGholam reza dashab,Hadi Faraji-Arough,Mohammad Rokouei
USA , Poultry Science , Year : 2018 , Pages: 0-0, ISSN:0032-5791 Journal Paper

Abstract

A major part of the growth performance in birds is the result of the combined effects of genes, including the general and specific combining ability that requires the design of an optimal mating system. The aim of this study was to fit the best model for each body weight trait from hatch to 45 days and the estimation of the variance components and the genetic parameters for the body weight traits of a crossbred population. This crossbred population was created by 4 strains of Japanese quail, including the Italian Speckled (A), Tuxedo (B), Pharaoh (C), A&M Texas (D), and the body weights of the different combinations were analyzed by 24 models including the direct genetic effect, the non-additive genetic effects including dominance and epistatic effects, the maternal permanent environmental and maternal genetic effects. The selection of the best fit model of each trait was performed based on the deviance information criteria. The variance components were estimated using a single-trait animal model analyzed with Gibbs sampling. At the early stage of bird growth, maternal genetic and maternal permanent environmental effects had a considerable contribution to the best model, but the contribution of these effects reduced with an increase in the bird\\\'s age and the additive variance contribution increased. Adding non-additive genetic effects (dominance and epistasis) to the models significantly reduced the variance of the error and the additive genetic variance estimated with high accuracy. The estimated heritability of body weight traits for the body weights of hatch, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, and 45 d were 0.316, 0.170, 0.251, 0.153, 0.132, 0.164, 0.290, 0.425, 0.476, and 0.362, respectively. The ratio of maternal genetic and maternal permanent environmental was considerable especially on early age body weight but the ratio of dominance and epistatic variances on each of the body weight traits was less than 4.5% of the total variance, but led to a more accurate estimates of the direct additive genetic

تعیین برنامه مناسب برای اصلاح‏ نژاد بز عدنی با استفاده از شبیه ‏سازی تصادفی

هادی فرجی آروق,سیدابوطالب صادقی,محمد رکوعی,مهدی وفای واله,مختار علی عباسی
ايران ، نشریه علوم دامی (پژوهش و سازندگی) ، سال : 2019 ، صفحات : 81-94، شاپا: 2588-6436 مقاله در مجله

چکیده

این مطالعه باهدف مقایسه میزان پیشرفت ژنتیکی، تغییرات هم‏خونی و فاصله نسل منتج از سه برنامه اصلاح‏نژاد هسته باز، هسته بسته و نر مرجع با روش شبیه‏سازی تصادفی با نرم‏افزار ADAM انجام شد. چهار سطح اندازه گله، سه سطح تعداد ماده به ازاء هر نر و چهار شاخص انتخاب در سه برنامه اصلاح‏نژاد ( هسته باز، هسته بسته و نر مرجع) ترکیب شده و در مجموع 144 سناریو مقایسه گردید. بیشترین میزان پیشرفت ژنتیکی کل و پیشرفت ژنتیکی صفات در سیستم هسته باز بدست آمد. هسته بسته کمترین فاصله نسل را داشته و از نظر میزان هم‏خونی بین دو سیستم دیگر بود. سیستم نر مرجع نیز دارای کمترین میزان هم‏خونی و بیشترین فاصله نسل بود. فاصله نسل تحت تأثیر اندازه گله تفاوت معنی‏داری در تمام سطح گله نشان داد و با افزایش اندازه گله زیاد شد. تعداد بز ماده به ازاء هر نر به شدت میزان هم‏خونی و فاصله نسل را تحت تأثیر قرار داد ولی پیشرفت ژنتیکی کل و پیشرفت ژنتیکی صفات کمتر تحت تأثیر قرار گرفت و در شرایط انتخاب 25 ماده به ازاء هر نر بیشترین میزان پیشرفت ژنتیکی کل و پیشرفت ژنتیکی صفات مشاهده گردید. شاخص‏های انتخاب استفاده شده تنها روی پیشرفت ژنتیکی کل تأثیر معنی‏داری نشان دادند و بیشترین مقدار آن در شاخص 4 (شامل وزن فروش، تعداد زایش در سال و تعداد بزغاله متولد شده در هر زایش) بدست آمد. با درنظر گرفتن اندازه گله در هسته‏ها تفاوت معنی‏داری در پیشرفت ژنتیکی کل و فاصله نسل مشاهده شده اما ضریب هم‏خونی تحت تأثیر قرار نگرفت. در سیستم هسته باز، بسته و نر مرجع به ترتیب گله‏های 200، 300 و50 رأسی و سناریوهای 15، 25 و 35 ماده به نر مناسب‏تر بودند. با درنظر گرفتن شاخص‏های انتخاب در سه سیستم اصلاح‏نژاد، شاخص 4 به علت سادگی و پیشرفت ژنتیکی بیشتر، بهترین بود.

بررسی اثر سویه و جنس بر فراسنجه¬های بیوشیمیایی سرم خون و صفات رشد بلدرچین

هادی فرجی آروق,محمد رکوعی,علی مقصودی
ايران ، نشریه علوم دامی (پژوهش و سازندگی) ، سال : 2019 ، صفحات : 31-46، شاپا: 2588-6436 مقاله در مجله

چکیده

بسیاری از فراسنجه¬های بیوشیمیایی سرم خون با مقاومت به بیماری¬ها، کیفیت گوشت و صفات عملکرد مرتبط می¬باشند و می¬توانند در تعیین وضعیت سلامت حیوان مفید باشند. این مطالعه با هدف بررسی اثر سویه و جنس بر صفات رشد و فراسنجه¬های بیوشیمیایی سرم خون بلدرچین انجام شد. بدین منظور از جوجه¬های یکروزه هر سویه بلدرچین (125 وحشی ، 159 خالدار ایتالیایی، 58 اسکارلت، 56 تکسدو، 81 سفید انگلیسی، 92 ای. ام. تگزاس و 57 وایت باتون)، استفاده شد. جوجه¬ها تا سن 42 روزگی به صورت هفتگی وزن¬کشی شدند. در سن 35 روزگی از هر کدام از سویه¬ها، 10 پرنده (5 نر و 5 ماده) کشتار و سرم خون آنها جدا شد. سنجش فراسنجه¬های بیوشیمیایی سرم خون شامل پروتئین تام، آلبومین، گلوبولین، گلوکز، کلسترول، تری-گلیسرید، اسید اوریک، کلسیم، فسفر و آنزیم¬های آسپارتات آمینو ترانسفراز (AST) و آلکالین فسفاتاز((ALP با استفاده از دستگاه اتوآنالایزر انجام شد. داده¬های مربوط به صفات رشد و میزان فراسنجه-های بیوشیمیایی سرم خون در بین سویه¬ها و جنس¬های مختلف توسط نرم¬افزار کامپیوتری R مورد تجزیه و تحلیل و مقایسه قرار گرفتند. اثر جنس بر وزن بدن در سن 42 روزگی، افزایش وزن در هفته ششم، کلسیم، گلوبولین و آنزیم AST معنی¬دار و اثر سویه بر تمامی صفات رشد، کلسترول، تری¬گلیسرید و فسفر معنی¬دار بود (05/0>P). همه صفات رشد و فراسنجه¬های بیوشیمیایی سرم خون (به استثنای غلظت اسید اوریک و آنزیم AST) در بلدرچین¬های ماده بیشتر از نرها بود. سویه خالدار ایتالیایی بالاترین و وایت باتون پایین¬ترین وزن بدن و افزایش وزن را داشتند. بالاترین و پایین¬ترین مقدار اغلب فراسنجه¬های بیوشیمایی سرم خون به ترتیب در سویه¬های وایت باتون و تکسدو مشاهده شد. با توجه به نتایج این مطالعه، سویه تکسدو به دلیل داشتن وزن بدن بالا در سن 42 روزگی و پایین بودن غلظت کلسترول و تری¬گلیسرید سرم خون به عنوان سویه گوشتی مطلوب، توصیه می¬شود.

پیش‌بینی مؤلفه‌های واریانس و فراسنجه‌های ژنتیکی صفات وزن بدن آمیخته‌های بلدرچین ژاپنی با در نظر گرفتن آثار ژنتیکی غیرافزایشی

هادی فرجی آروق,خدیجه ابراهیمی,غلامرضا داشاب,علی مقصودی,محمد رکوعی
ايران ، نشریه علوم دامی (پژوهش و سازندگی) ، سال : 2019 ، صفحات : 285-300، شاپا: 2588-6436 مقاله در مجله

چکیده

صفات رشد در پرندگان گوشتی از صفات مهم اقتصادی در برنامه¬های اصلاح نژادی هستند. بخش قابل توجهی از عملکرد رشد در پرندگان نتیجه¬ اثر ترکیبی ژن¬ها است، که بهره¬گیری از این اثرات ترکیبی نیازمند طراحی یک سیستم مطلوب جفت¬گیری جهت استفاده از قابلیت ترکیبی عام و خاص ژن¬ها می¬باشد. این مطالعه با هدف پیش¬بینی مؤلفه¬های واریانس و فراسنجه¬های ژنتیکی صفات وزن بدن در جمعیت آمیخته حاصل ازتلاقی دی آلل کراس چهار سویه بلدرچین با استفاده از مدل¬هایی شامل اثرات ژنتیکی افزایشی مستقیم و اثرات ژنتیکی غیرافزایشی انجام شد. برآورد مؤلفه¬های واریانس برای صفات وزن شامل وزن هچ، وزن¬های ۵، ۱۰، 15، 20، 25، 30، 35، 40 و 45 روزگی با مدل دام تک-صفتی مبتنی بر نمونه¬گیری گیبس انجام گرفت. نمونه¬گیری گیبس با ۱۵۰۰۰۰۰ سیکل، دور سوخته ۱۵۰۰۰۰ و فواصل ۱۰۰ انجام شد. وراثت-پذیری صفات فوق به ترتیب 655/۰، 276/۰، 201/۰، 022/۰، 053/۰، 04/۰، 129/۰، 087/۰، 417/۰ و 046/۰ برآورد شدند. در صفات وزن مربوط به سنین اولیه رشد، سهم اثرات ژنتیکی مستقیم کم بود و با افزایش سن پرنده به سهم واریانس افزایشی پرنده افزوده شد. افزودن اثرات ژنتیکی غیرافزایشی شامل غلبه و اپیستاتیک در مدل¬ باعث کاهش واریانس خطا و افزایش دقت برآوردهای واریانس ژنتیک افزایشی گردید. هرچند نسبت واریانس¬های غلبه و اپیستاتیک برای صفات وزن مورد بررسی کمتر از ۴ درصد واریانس کل بود، اما ورود این اثرات در مدل باعث گردید تا واریانس ژنتیکی افزایشی دقیق¬تر برآورد گردد.

Genomic Evaluation and Variance Component Estimation of Additive and Dominance Effects Using Single Nucleotide Polymorphism Markers in Heterogeneous Stock Mice

ٖGholam reza dashab,Morteza Mahdavi,Mehdi Vafaye Valleh,Mohammad Rokouei,مهدی سرگلزایی
check , Czech Journal of Animal Science , Year : 2018 , Pages: 492-506, ISSN:1212-1819 Journal Paper

Abstract

ABSTRACT Mahdavi M., Dashab G.R., Vafaye Valleh M., Rokouei M., Sargolzaei M.: (2018): Genomic evaluation and variance component estimation of additive and dominance effects using single nucleotide polymorphism markers in heterogeneous stock mice. Czech J. Anim. Sci., 63, 492–506. Exploration of genetic variance has mostly been limited to additive effects estimated using pedigree data and non-additive effects have been ignored. This study aimed to evaluate the performance of single nucleotide polymorphisms (SNPs) marker models in the mixed and orthogonal framework including both additive and nonadditive effects for estimating variances and genomic prediction in four diabetes-related traits in heterogeneous stock mice. Models have performed differently in detecting SNPs affecting traits. Dominance variances explained over 14.7 and 3.8% of genetic and phenotype variance in a Genomic prediction and variance component estimation method (GVCBLUP) framework. Reliabilities of additive Genomic best linear unbiased prediction model (GBLUP) in different traits ranged from 44.8 to 66.6%, for GVCBLUPs framework including both additive and dominance effects (MAD), and 46.1 to 69% for the model including additive effect (MA). Dominance GBLUP reliabilities ranged from 6 to 26.4% for MAD and from 22.5 to 50.5% in the model including dominance (MD). MA and MD had higher reliability for additive and dominance GBLUPs compared to MAD. Reliabilities of GBLUPs in MAD and MA for all traits were not significant except for growth slope (P < 0.01). In orthogonal framework models, epistasis variances accounted for a greater proportion (87.3, 89.1, 95.5, and 77.2%) of genetic variation for end weight, growth slope, body mass index, and body length, respectively. Heritability in a broad sense was estimated at 1.12, 1.67, 3.64, and 2.0%, in which non-additive heritability had a significant contribution. Genetic variances explained by dominance using GVCBLUPs were 16.8, 29.4, 14.6, and 14.9% for the traits. Generally, the non-additive models had a lower value of deviance information criterion (DIC) and performed better in estimating the variance component. Comparing the estimated variance by orthogonal framework models confirmed the results previously estimated by GVCBLUPs, with the difference that the estimates were shrinking. Following significant SNPs affecting diabetes-related traits by post-genome-wide studies could reveal unknown aspects and contribute to genetic control of the disease.

ارتباط چندشکلی ژن‌های GDF9 و BMP15 با صفت چند‌قلوزایی در بز مرخز

غلامرضا داشاب,اعظم خسروی زرندی,محمد رکوعی,مهدی وفای واله
ايران ، پژوهش های تولیدات دامی ، سال : 2016 ، صفحات : 0-0، شاپا: ۲۲۵۱-۸۶۲۲ مقاله در مجله

چکیده

چند‌قلوزایی یکی از مهم­ترین صفات اقتصادی در پرورش بز است، که علاوه بر تأثیر‌پذیری از ژن‌های کوچک اثر، تحت تأثیر ژن‌های با اثر بزرگ نیز می‌باشد. در دهه‌های اخیر مشخص شد که دو عضو متعلق به خانواده فاکتورهای رشد با منشأ اووسیتی به نام­هایGDF9 وBMP15 برای رشد فولیکولی و تخمک‌ریزی ضروری هستند. هدف از پژوهش حاضر مطلعه­ی چند شکلی در جایگاه­های ژنی GDF9 وBMP15 و ارتباط الگوهای ژنوتیپی شناسایی شده در جایگاه­های مذکور با میزان چندقلوزایی است. نمونه خون از تعداد 50 رأس بز مرخز به‌طور تصادفی گرفته شد و استخراج DNA با روش بهینه یافته نمکی انجام گرفت. واکنش زنجیره‌ای پلیمراز برای تکثیر قطعه 862 جفت بازی از اگزون 2 ژن BMP15 و قطعه 995 جفت بازی از اگزون 2 ژن GDF9 انجام گرفت. محصولات PCR پس از هضم توسط آنزیم Hinf1 برروی ژل آگارز 3 درصد الکتروفورز و بر اساس الگوی باندی مشاهده شده ژنوتیپ دام­ها تعیین شد. در جایگاه BMP15 دو الل B و b با فراوانی­های به­‌ترتیب 96/0 و 04/0 و ژنوتیپ‌های BB، Bb و bb به­‌ترتیب با فراوانی­های 94/0، 04/0 و 02/0 مشاهده شد. هم­چنین، در جایگاه GDF9 فراوانی آلل‌های A و a به‌‌ترتیب 68/0 و 32/0 و فراوانی ژنوتیپ‌های AA، Aa و aa به‌ترتیب 60/0، 16/0 و 24/0 برآورد شد. شاخص نئی، PIC و هتروزایگوسیتی مورد انتظار در ژن BMP15 به‌ترتیب 47/0، 077/0 و 08/0 و در ژن GDF9 به‌ترتیب 34/0، 4/0 و 43/0 محاسبه شد. هم­چنین، ‌نتایج بررسی ارتباط الگوهای ژنوتیپی جایگاه‌های ژنی GDF9 وBMP15 و اثرات متقابل آنها بر صفت دوقلوزایی معنی‌دار بودند، بنابراین، می­توان نتیجه گرفت هر چند دو جایگاه ژنی GDF9 و BMP15 تنوع متوسط و پایین دارند، اما نقش مهمی در دوقلوزایی ایفا می­نمایند. لذا اطلاعات موجود می­تواند در برنامه‌های انتخاب برای افزایش دوقلوزایی در بز نژاد مرخز سودمند باشد.

ارزیابی ژنتیکی صفت بقاء در گوسفند بلوچی با روش نمونه برداری گیبس

غلامرضا داشاب,علی وجدان حسن کیاده,محمد رکوعی,احمدرضا سیدعلیان
ايران ، علوم دامی ایران ، سال : 2016 ، صفحات : 453-461، شاپا: 2008-4773 مقاله در مجله

چکیده

هدف از این پژوهش برآورد روند و فراسنجه‌های ژنتیکی صفت بقاء در گوسفند بلوچی است. در این پژوهش از رکوردهای بقاء 27978 رأس گوسفند بلوچی مرکز اصلاح نژاد دام کشور، در سال‌های 1358 تا 1388 استفاده شد. صفات موردبررسی شامل صفت بقاء از 1 تا 400 روزگی و بقاء از یک‌روزگی تا تاریخ حذف یا تا آخرین تاریخ ثبت شده بود. فراسنجه‌های ژنتیکی با دو مدل حیوانی (با و بدون محیط دائم مادری) با توجه به داده­های سانسورشدۀ راست و توزیع احتمال نمایی به روش نمونه­برداری گیبس برآورد شد. عامل‌های ثابت مؤثر بر صفت بقاء در مدل حیوانی شامل تأثیر سال و ماه تولد، جنس، نوع تولد و گله بودند. میانگین وراثت‌پذیری افزایشی برای صفات بقاء از 1 تا 400 روزگی و بقاء از یک‌روزگی تا آخرین تاریخ رکوردبرداری در مدل 1 و 2 به ترتیب در محدودۀ 135/0-159/0 و 085/0- 168/0 برآورد شد. میانگین نسبت واریانس محیط مشترک مادری محاسبه شده برای صفت بقاء از 1 تا 400 روزگی 076/0 و بقاء از یک‌روزگی تا آخرین تاریخ رکوردبرداری 144/0 محاسبه شد. روند ژنتیکی بقاء بر پایۀ دو معیار موردبررسی به ترتیب 0005/0-، 0001/0- به دست آمد که نزدیک به صفر بود. وراثت­پذیری برآوردشده نشان ­داد، که انتخاب ژنتیکی برای صفت بقاء می­تواند مؤثر باشد و با توجه به اهمیت این صفت در سودآوری، بهتر است در برنامه‌های اصلاح نژادی این صفت استفاده شود.

بررسی چندشکلی ناحیۀ اگزون سوم ژن FABP4 در دو نژاد سیستانی و دشتیاری و ارتباط آن با صفات رشد در گاو های نژاد سیستانی

غلامرضا داشاب,سمانه ابولی,محمد رکوعی,مهدی وفای واله
ايران ، تولیدات دامی ، سال : 2015 ، صفحات : 107-117، شاپا: 2009-6776 مقاله در مجله

چکیده

چند‏شکلی ناحیۀ اگزون سوم جایگاه ژن FABP4 و ارتباط الگو‏های ژنوتیپی شناسایی‌شده با صفات مرتبط با رشد با استفاده از 45 رأس گاو شامل نژاد سیستانی (30 رأس) و دشتیاری (15 رأس) بررسی شد. DNA از خون کامل استخراج و کیفیت آنها به‌کمک الکتروفورز ژل آگارز یک درصد بررسی شد. پس از تکثیر زنجیره‏ای پلی‏مرازی (PCR) و هضم آنزیمی آنها با NlaIII و الکتروفورز روی ژل آگارز 8/2 درصد، الگو‏های ژنوتیپی دام‏ها براساس اندازه و تعداد باند‏ها تعیین شد. فراوانی نسبی الگو‏های باندی شناسایی‌شده شامل ژنوتیپ‏هایAA ، AB، و BB در دو نژاد سیستانی و دشتیاری به‌ترتیب 67، 30، و 3 و نیز 73، 27، و صفر درصد بودند. فراوانی آلل‏های A و Bدر جایگاه مطالعه‌شده در جمعیت سیستانی و دشتیاری به‌ترتیب 82، 18، 5/86، و 5/13 درصد محاسبه شد. شاخص‏‌های هتروزایگوسیتی شامل شاخص شانون (I)، شاخص نئی، هتروزایگوسیتی مشاهده شد و هتروزایگوسیتی مورد انتظار در جمعیت سیستانی و دشتیاری به‌ترتیب 48، 30، 30 و30 و 39، 11، 27 و 24 درصد برآورد شد. الگو‏های ژنوتیپی در جایگاه ژن FABP4 در جمعیت گاو سیستانی همبستگی معنی‌داری با وزن‌های شش، نه‌، و دوازده ماهگی نشان داد. بنابراین جایگاه مذکور می‏تواند به‌عنوان ژن کاندیدا در توصیف تنوع صفات مرتبط با رشد بعد از سن ازشیرگیری گوساله‏ها در برنامه‏های اصلاح نژادی استفاده شود.

بررسی چند شکلی ژن میواستاتین و ارتباط آن با صفات رشد در گوسفند کردی خراسان شمالی

غلامرضا داشاب,سکینه اکبری,مسعود علی پناه,محمد رکوعی,داود علی ساقی
ايران ، ژنتیک نوین ، سال : 2015 ، صفحات : 129-133، شاپا: 2008-4439 مقاله در مجله

چکیده

ژن میواستاتین یا فاکتور 8 موثر بر رشد و تمایز ( 8 اسکلتی عمل می کند. جهش در ناحیه کد کننده میواستاتین باعث تغییر نقش مهاری آن و افزایش عضله م یشود. در پژوهش اخیر خونگیری به طور تصادفی از تعداد 58 راس گوسفند کردی خراسان شمالی انجام و سپس با استفاده از روش نمکی بهینه یافته صورت گرفت. یک قطعه 337 جفت بازی از ناحیه اگزون 3 DNA استخراج تکثیر شد. به (PCR) ژن میواستاتین با استفاده از یک جفت آغاز گر اختصاصی توسط واکنش زنجیره ای پلیمراز PCR-RFLP با روش HaeΙΙΙ منظور ردیابی شکل های متفاوت آللی در جایگاه میواستاتین از آنزیم محدودالاثر با فراوانی به ترتیب mm و Mm استفاده شد. از سه الگوی ژنوتیپی ممکن در جایگاه ژن میواستاتین، تنها دو ژنوتیپ 0 برآورد شد. / 0 و 92 / به ترتیب 08 m و M 0 مشاهده شد. فراوانی آللی در جایگاه مزبور برای آللهای / 0/15 و 85 تجزیه مدلهای خطی با اثرات ثابت ژنوتیپ نشان داد که میانگین وزن برهها در 3 و 6 ماهگی ژنوتیپ هتروزیگوت بالاتر از ژنوتیپ هموزیگوت میباشد.

مطالعه چندشکلی ژن میواستاتین وتأثیر آن بر صفات رشد در گوسفند لری

غلامرضا داشاب,فاطمه بهرام زاده,مسعود علی پناه,محمد رکوعی,صادق اسداللهی
ايران ، پژوهشهای علوم دامی ایران ، سال : 2015 ، صفحات : 374-380، شاپا: ۲۰۰۸-۳۱۰۶ مقاله در مجله

چکیده

ژن میواستاتین یا فاکتور 8 رشد و تمایز، روی توسعه و بلوغ ماهیچه های اسکلتی اثر مهارکنندگی دارد و اگر جهشی در آن رخ بدهد، باعث تغییر در اندازه ماهیچه ها می گردد. از طرفی گوسفند لری مهمترین نژاد گوسفند گوشتی بومی ایران است، که دارای توانایی ژنتیکی بالایی برای تولید گوشت می باشد. لذا، بررسی ژن های مؤثر بر تولید گوشت در این نژاد می تواند در انتخاب و اصلاح آن اهمیت داشته باشد. بنابراین، برای شناخت بهتر جایگاه ژن میواستاتین در گوسفند لری و ارتباط ژنوتیپ های شناسایی گردیده با صفات وزن تولد، ازشیرگیری و 6 ماهگی، تعداد 50 رأس گوسفند لری به طور تصادفی انتخاب و خونگیری از ورید گردنی انجام گرفت. استخراج DNA با استفاده از کیت دنازیست صورت گرفت و برای بررسی کمیت و کیفیت DNA استخراجی از روش اسپکتوفتومتری و الکتروفورز استفاده شد. به منظور ارزیابی وجود چندشکلی پرایمرهای اختصاصی طراحی و نواحی مورد نظر تکثیر شدند. پس از تأیید قطعه مورد نظر bp373 روی ژل آگارز به وسیله آنزیم برشی HaeIII تعیین ژنوتیپ گردید، که تنها حیوانات با ژنوتیپ Mm و mm در جایگاه ژن میوستاتین در جمعیت گوسفند لری مشاهده شدند. فراوانی آلل های M و m به ترتیب 75/8% و 25/91% محاسبه شد. همچنین، بررسی ارتباط بین ژنوتیپ های شناسایی گردیده درگوسفند لری با صفات رشد در جایگاه ژن میواستاتین به جز برای وزن تولد غیر معنی دار بود. بنابراین، آلل های جایگاه ژن میواستاتین تثبیت گردیده و نشانگر مناسبی در مطالعات ژنتیکی و پیوستگی با صفات رشدمحسوب نمی گردد.

بررسی چندشکلی ژن IGF-1 و ارتباط آن با صفات مرتبط با رشد در گاوهای سیستانی

غلامرضا داشاب,سمیه علی پور,مسعود علی پناه,محمد رکوعی
ايران ، علوم دامی ایران ، سال : 2014 ، صفحات : 0-0، شاپا: 2008-4773 مقاله در مجله

چکیده

فاکتور رشد شبه انسولین ) IGF-1 ( یک هورمون پپتیدی است که ساختار مشابهی با هورمون انسولین داشته و روی کروموزوم شمارة 5 گاو قرار دارد. IGF-1 نقش مهمی در رشد و نمو بافت های مختلف بدن ایفا می کند. هدف از پژوهش حاضر، بررسی چندشکلی های موجود در ژن IGF-1 و تأثیر آن بر صفات مرتبط با رشد در گاوهای سیستانی است. نمونه های خون از ورید گردنی 53 رأس گاو سیستانی ) یک ساله ( گرفته شد و استخراج DNA به روش نمکی بهینه یافته از خون کامل انجام گرفت. تکثیر یک قطعه 243 جفت بازی از ناحیة اگزون 1 ژن IGF-1 توسط واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی صورت گرفت. وجود جهش نقطه ای و تعیین ژنوتیپ های موجود در این جایگاه در هریک از نمونه ها با استفاده از آنزیم برشی SnaBI انجام گرفت و روی ژل آگارز 2 درصد الکتروفورز شد. نتایج از وجود دو آلل A و B در جایگاه مورد مطالعه 0 محاسبه شد. سه الگوی ژنوتیپی جایگاه مورد / 0 و 55 / حاکی بود که فراوانی آن ها به ترتیب 25 مطالعه شامل AA ، AB و BB 0/ 0 و 545 /336 ،0/ دارای فراوانی های ژنوتیپی به ترتیب برابر با 055 بودند. آزمون مربع کای برای ناحیة اگزون 1 ژن IGF-1 در جمعیت گاو سیستانی مورد مطالعه، بیانگر برقراری تعادل هاردی واینبرگ بود. آنالیز ارتباط ژنوتیپ ها در این جایگاه با داده های مرتبط با - صفات رشد 0/ اختلاف معناداری ) 05 P< ( را بین ژنوتیپ های AA و AB نشان داد . بر اساس نتایج تحقیق حاضر می توان نتیجه گرفت که ژن IGF-1 می تواند به عنوان ژن کاندیدا برای صفات مرتبط با رشد در برنامه های به نژادی گاو سیستانی استفاده شود.

Effect of Using Reproductive Technologies on Genetic Progress in Sistani Native Cattle of Iran: A Simulation Study

Hadi Faraji-Arough,Mohammad Rokouei,ali maghsoodi,MEHRAN MEHRI,سعید انصاری مهیاری,اندرس کریستین سورنسن
IRAN , Iranian Journal of Applied Animal Science , Year : 2019 , Pages: 59-71, ISSN:2251-628X Journal Paper

Abstract

The effect of artificial insemination (AI), embryo transfer (ET) to bull dams (BD), and sexed semen (SS) to cow dams (CD) with and without controlling inbreeding were studied using stochastic simulation. Three levels of embryo transfer (no ET, ET on all BD, and ET on 20% of BD), five levels of sexed semen (no SS: control, SS-X on all CD, SS-X on 20% CD, SS-Y on all CD, and SS-Y on 20% CD), three levels of artificial insemination (no AI, AI on 50% cows, and AI on 90% cows), two levels of mating system (random and minimum consistory) were combined together to make 66 scenarios in which the combination of no ET, no SS, and no AI are assigned as a control. The simulated population consisted of 40 herds with 50 cows each was monitored for 30 years. The results showed that the use of AI, ET, and SS techniques increased the annual change of total merit index (TMI), inbreeding, and selection accuracy. Compared to control, the rate of annual change in TMI and inbreeding were increased as 41.95, 36.91 and 83.91%; and 192, 57 and 207%, for using of AI, ET and combination of SS + AI + ET, respectively. The minimum consistory mating decreased inbreeding, but not affected other parameters. The results suggested that using of ET on 20% BD, SS-Y for all CD, and 90% AI alone or in combination with each other along with minimum consistory mating might resulted in high genetic progress and low inbreeding rate. These technologies and inbreeding control strategies may increase the ratio of annual change of TMI to inbreeding.

A simple estimation of ideal profile of essential amino acids and metabolizable energy for growing Japanese quail

Farzad Bagherzadeh Kasmani,MEHRAN MEHRI,ghazaghi Mahmoud,Mohammad Rokouei
USA , Journal of Animal Physiology and Animal Nutrition , Year : 2015 , Pages: 680-685, ISSN:0931-2439 Journal Paper

Abstract

An experiment was conducted to determine apparent metabolizable energy (AME) and amino acid requirements of growing Japanese quail based on ideal protein concept using artificial neural network and desirability function (D‐ANN). Seven‐day‐old quail chicks were assigned to nine experimental diets based on central composite design (CCD) containing five levels of AME (2809–3091 kcal/kg) and CP (19–24.8% of diet). The ratio of lysine (Lys) to CP was set at 0.053 among all treatments, and remaining essential amino acids (EAA) were adjusted to Lys. The experimental data of CCD were fitted to D‐ANN model to compute the optimal values for independent variables. The optimal values of inputs including AME, CP, digestible Lys (dLys), methionine (dMet), total sulphur amino acids (dTSAA), threonine (dThr), tryptophan (dTrp), isoleucine (dIle), valine (dVal) and arginine (dArg) for maximizing gain and minimizing feed conversion ratio were estimated at 2865 kcal/kg, 25, 1.32, 0.55, 0.88, 0.84, 0.20, 0.75, 1.04 and 1.45% of diet, respectively, with D (desirability function) = 0.94. The corresponding optimal amounts of amino acids based on total amino acids were 1.42, 0.59, 0.95, 0.90, 0.22, 0.81, 1.12 and 1.56% of diet respectively. The ideal pattern of essential amino acids to Lys was as follows: dMet: dLys = 0.42, dTSAA: dLys = 0.67, dThr: dLys = 0.64, dTrp: dLys = 0.15, dIle: dLys = 0.57, dVal: dLys = 0.79 and dArg: dLys = 1.09. The results of this study showed that amino acid requirements of modern quails might be higher than those reported by NRC.

Overexpression of enhancer of zeste human homolog 2 (EZH2) gene in human cytomegalovirus positive glioblastoma multiforme tissues

مجید علیپور,,Reza Shirkoohi,Mohammad Rokouei,Abbas Nikravesh
USA , Medical Oncology , Year : 2014 , Pages: 0-5, ISSN:1357-0560 Journal Paper

Abstract

Glioblastoma multiforme (GBM) is considered to be one of the most invasive human cancers, characterized by a high mortality rate and an average survival is <1 year. These tumors are highly aggressive and insensitive to conventional radio and chemotherapy. An interesting aspect of glioblastoma is the association of active human cytomegalovirus (HCMV) infection, which is evident by the presence of viral DNA, mRNA and protein level in most glioblastoma tissues. Although the presence of the HCMV infection in glioblastoma is well established, but the oncomodulatory role of HCMV is not defined yet. Enhancer of zeste human homolog 2 (EZH2) is a key protein of the polycomb repressive complex 2, epigenetic gene silencers. There have been several reports that EZH2 activity is essential in GBM pathogenesis. In our previous research, we have found a high rate of HCMV infection in a cohort of Iranian glioblastoma patients. In this study, we investigated the expression of EZH2 in HCMV-negative versus HCMV-positive GBM tissues in comparison to non-tumor tissues. The level of expression was determined by real time PCR and the differences were calculated using the Livac or 2−ΔΔCt and analysis of variance (ANOVA). Relative expression of EZH2 in HCMV-negative glioblastoma tissues were increased 6.053-fold compared to non-neoplastic brain tissues, while EZH2 gene expression was increased 41.098-fold in HCMV-positive glioblastoma tissues. ANOVA test showed that there is a significant difference in EZH2 expression between normal brain tissue, HCMV-negative and HCMV-positive glioblastoma tumors (p value = 0.0001). Our data indicate that EZH2 expression can be considered a risk factor in glioblastoma and EZH2 inhibitors may serve as potential new treatment in glioblastoma. This would be an interesting new field to investigate in more detail.

Expression of insulin-like growth factor binding protein-2 (IGFBP-2) gene in negative and positive human cytomegalovirus glioblastoma multiforme tissues

مجید علیپور,,Mohsen Karimi Arzenani,Reza Shirkoohi,Mohammad Rokouei,Abbas Nikravesh
USA , Medical Oncology , Year : 2014 , Pages: 0-6, ISSN:1357-0560 Journal Paper

Abstract

Glioblastoma multiforme (GBM), a WHO grade IV malignant glioma, is the most common and lethal primary brain tumor in adults and has but few treatments. The median survival of glioblastoma patients is 12 months. The (possible) relationship between human cytomegalovirus (HCMV) infection and cancer has been investigated for decades. Detection of viral DNA, mRNA and/or antigens in tumor tissues suggests that HCMV infection has a role to play in the etiology of several human malignancies. HCMV gene products can promote the various signaling pathways critical to tumor growth, including platelet derived growth factor receptor, phosphatidyl inositol 3-kinases (PI3K/AKT), signal transducer and activator of transcription 3 and glycogen synthase kinase 3 beta that are involved in apoptosis, angiogenesis, invasion and immune evasion. Insulin-like growth factor binding protein 2 (IGFBP2) is a biomarker of the PI3K/AKT pathway so we decided to evaluate the expression of this gene in 3 groups: HCMV-negative GBM tissues, HCMV-positive GBM tissues and non-tumor tissues. The presence of HCMV was assessed according to our previous article. HCMV was present in %75 of glioblastoma tissues. Then RNA was extracted, cDNA was synthesized, and real-time PCR was performed. Then, the rate of increased expression was calculated using the Livac or 2−ΔΔCt. ΔCt of samples in the three groups were compared using analysis of variance (ANOVA). The expression of IGFBP2 gene relative to GAPDH gene in HCMV-negative glioblastoma tissues and HCMV-positive glioblastoma tissues, respectively, was increased 5.486 and 15.032 times compared to non-neoplastic brain tissues. ANOVA tests showed that the difference of mean ΔCt for IGFBP2 gene between healthy subjects and patients with HCMV-positive and HCMV-negative glioblastoma tumors statistically significant.

Detection of human cytomegalovirus in glioma tumor tissues

مجید علیپور,,Abbas Nikravesh,Reza Shirkoohi,Mohsen Karimi Arzenani,Mohammad Rokouei
English , Comparative Clinical Pathology , Year : 2013 , Pages: 1321-1330, ISSN:1618-5641 Journal Paper

Abstract

A brain tumor that develops from glial cells is called a glioma. About half of all primary brain tumors form from glial cells. Gliomas are divided into subgroups, depending on the origin of the glial cells. Detection of human cytomegalovirus in tumor tissues of glioma patient was performed for the first time in Iran. These data show an association between human cytomegalovirus (HCMV) and malignant gliomas and suggest that HCMV may play an active role in glioma pathogenesis. Cytomegalovirus surgical biopsy specimens of glioma tissues (n = 28) and non-tumor brain tissues (n = 8) were obtained. Total DNA of specimens was extracted, and then, extracted DNA was evaluated by polymerase chain reaction for evidence of HCMV nucleic acids. Here, we show that a high percentage of malignant gliomas are infected by HCMV. Seventy-five percent of grade 4 glioma, 57 % of grade 3 glioma, and 33 % of grade 2 glioma were HCMV positive. All specimens of grade 1 glioma and control tissues were HCMV negative. The relationship between the grade of glioma and the presence of HCMV is significant (P value = 0.035). Fisher exact test was used for statistical analysis.

Evaluation of Non- linear Growth Curves Models for Native Slow-growing Khazak Chickens

Hadi Faraji-Arough,Mohammad Rokouei,ali maghsoodi,MEHRAN MEHRI
IRAN , Poultry Science Journal , Year : 2019 , Pages: 25-32, ISSN:2345-6604 Journal Paper

Abstract

Native poultry is a valuable genetic source with high resistance against diseases providing an important subject for breeding programs. The non-linear mathematical modeling of the growth pattern may partly explain the relationship between requirements and body weight to precise feeding that plays a vital role in the animal enterprises. A study was conducted to compare five non-linear models including Gompertz, Richards, Lopez, Logistic, and Von Bertalanffy describing the growth curve of Khazak native chickens. A total of 120 Khazak chickens (male and female) were individually weighed from 0 to 29 weeks under the same condition. The models were fitted on body weight data set and then evaluated by goodness-of-fit criteriaincluding root mean square error (RMSE), Bayesian information criterion (BIC), Akaike information criterion (AIC), and adjusted coefficient of determination (R2Adj). Based on goodness-of-fit criteria, Lopez model was the most suitable one for describing the growth curves in female and male chickens. The effect of sex was significantly important on curve parameters in all models (P< 0.05). The highest and lowest initial weight (W0) parameter was estimated by Logistic and Richards models, respectively, however, the other parameters of the growth curves were higher in Lopez model compared to others. Male chickens had higher values for age (ti), and weight (wi) at inflection point than females. Using an appropriate model to describe the growth curve in native Khazak chickens could increase the accuracy of selection for rapid growth at early stages of age

بررسی عملکرد، کیفیت و کمیت گوشت، تخم تولیدی و باروری در برخی سویه های بلدرچین ژاپنی

هادی فرجی آروق,محمد رکوعی,مهدی جهان تیغ
ايران ، تحقیقات تولیدات دامی ، سال : 2019 ، صفحات : 89-101، شاپا: 2252-0872 مقاله در مجله

چکیده

هدف از این تحقیق، مقایسه عملکرد، فراسنجه­های کیفیت و کمیت گوشت، تخم تولیدی و باروری در هفت سویه بلدرچین (خالدار ایتالیایی، وحشی، تکسدو، اسکارلت، سفید انگلیسی، ای ام تگزاس و وایت باتون) بود. بدین منظور از هر سویه تعدادی (125 وحشی، 159 خالدار ایتالیایی، 58 اسکارلت، 56 تکسدو، 81 سفید انگلیسی، 92 ای. ام. تگزاس و 57 وایت باتون) جوجه یک­روزه تولید و از روز اول تا آخر آزمایش در شرایط یکسان پرورش داده شدند. از سن 21 تا 35 روزگی وزن­کشی و اندازه­گیری مصرف خوراک برای محاسبه ضریب تبدیل سویه­ها انجام شد. در سن 42 روزگی، به صورت تصادفی از هر سویه 10 پرنده کشتار و بعد از اندازه­گیری اجزای لاشه، نمونه گوشت سینه و ران جهت بررسی کیفیت و اندازه­گیری ترکیبات شیمیایی گوشت گرفته شد. با شروع تخم­گذاری سویه­ها، تولید تخم روزانه ثبت شده و از تخم­های جمع­آوری شده جهت اندازه­گیری فراسنجه­های کیفی و کمّی تخم، باروری و جوجه­درآوری استفاده شد. نتایج نشان داد که سویه اثر معنی­داری بر مصرف خوراک، افزایش وزن، ضریب تبدیل 35-28 روزگی، خطر حذف در هفته ششم، اکسیداسیون روز 30 گوشت، افت خونابه روزهای 1 و 7، ترکیبات شیمیایی گوشت (به استثنای خاکستر)، فراسنجه­های کیمیت و کیفیت تولید تخم (به استثنای ارتفاع سفیده و واحد هاو) داشت (05/0 >P). با توجه به نتایج عملکرد، فراسنجه­های اجزای لاشه و کیفیت گوشت، سویه وحشی و تکسدو به ترتیب بهترین عملکرد و کیفیت گوشت را داشتند. بالاترین و پایین­ترین درصد تولید تخم و باروری به ترتیب در سویه­های سفید انگلیسی (47/75 و 84/84 درصد) و وایت باتون (26/64 و 66/74 درصد) مشاهده شد. از لحاظ بسیاری از فراسنجه­های کیفیت تخم، سویه ای ام تگزاس مناسب­تر از سایر سویه­ها بود. با توجه به نتایج پیشنهاد می­شود در پرورش بلدرچین به منظور اهداف مختلف، بهتر است سویه مناسب انتخاب شود.

Genetic and non-genetic analysis of lamb survival in Sangsari sheep by gibbs sampling method

Hadi Faraji-Arough,,Mohammad Rokouei,ٖGholam reza dashab,احمد رضا سید علیان
Netherlands , Small Ruminant Research , Year : 2019 , Pages: 56-60, ISSN:0921-4488 Journal Paper

Abstract

The aim of this study was to investigate the genetic and non-genetic effects on survival traits of Sangsari sheep from birth to the last recording date. Data base with 35,470 sheep survival records was collected during 1988 to 2010 in 11 flocks by the Animal Breeding Center of Iran. The non-genetic effects were evaluated on hazard rate of sheep in different times with survival and cmprsk packages. Exponential distribution based on censored data was used to estimate the genetic parameters of the survival from birth to the last recording date. The linear animal models were fitted using Bayesian method via Gibbs sampling of the MCMCglmm package. The overall mortality rate for Sangsari lambs was 2.00 and 25.72% for birth to 100 and 500 day of age, respectively, and its value increased upto 90.54% till 3400 day of age. The results indicated that the year and month of birth, sex of lamb, birth weight, age of ewe, flock (P < 0.001), and type of birth (P < 0.01) had a significant effect on sheep survival. Estimated direct heritability for survival from birth to the last recording date by different linear models ranged 0.097 to 0.157. The contribution of maternal permanent environmental variance ratio was estimated higher than maternal heritability, thus this effect must be considered in the evaluation models for improving sheep survival. The present findings suggest that sheep survival improvement could be possible through management practice as well as genetic selection.

برآورد عوامل غیر ژنتیکی و ژنتیکی موثر بر صفت بقاء در گوسفند زندی

هادی فرجی آروق,علی وجدان حسن کیاده,محمد رکوعی,غلامرضا داشاب,احمد رضا سید علیان
ايران ، تولیدات دامی ، سال : 2019 ، صفحات : 181-192، شاپا: 2009-6776 مقاله در مجله

چکیده

این تحقیق با هدف برآورد عوامل محیطی موثر بر بقاء و برآورد پارامترهای ژنتیکی بقاء از یک تا آخرین روز رکوردبرداری در گوسفند زندی انجام شد. اطلاعات مورد استفاده شامل رکوردهای بقاء 9558 بره متولد شده از 273 قوچ و 2328 میش بود که توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور در طول 25 سال (1366 تا 1390) جمع‌آوری شده بود. عوامل مؤثر بر بقاء و خطر حذف توسط دو بسته نرم‌افزاری Survival و cmprsk برآورد شدند. برآورد مؤلفه‌های واریانس صفت بقاء با استفاده از توزیع ‌‌نمایی بر مبنای داده‌های سانسور شده توسط مدل با اثر افزایشی (مدل 1) و مدل با اثر افزایشی و محیط دائم مادری (مدل 2) تحت رویکرد بیزین و تکنیک نمونه‌گیری گیبس انجام گرفت. تعداد 1000000 نمونه با دوره سوخته 100000 و فاصله نمونه گیری 75 برای برآورد مؤلفه‌های واریانس استفاده شد. نتایج نشان داد، که اثرات عوامل سال تولد، ماه تولد، وزن تولد، نوع تولد، جنس بره (p<0.001) و سن مادر (p< 0.01) بر صفت بقا معنی دار بود. وراثت پذیری مستقیم صفت بقا درمدل 1 و 2 به ترتیب 0.184(0.136-0.234) و 0.162( 0.120- 0.210) بود. نسبت واریانس محیط دائمی مادری به واریانس فنوتیپی 0.046( 0.031- 0.056) بود. براساس نتایج این تحقیق، بهبود ژنتیکی بقا بره های زندی توسط انتخاب ژنتیکی امکان پذیر بئده و مدیریت بهتر عوامل محیطی در کاهش خطر حذف بره های این نژاد موثر می باشد.

ارزیابی ژنتیکی فراسنجه های منحنی تولید تخم و ارتباط آنها با برخی صفات اقتصادی در بلدرچین

هادی فرجی آروق,جواد میری,محمد رکوعی,علی مقصودی
ايران ، پژوهش های تولیدات دامی ، سال : 2019 ، صفحات : 112-119، شاپا: ۲۲۵۱-۸۶۲۲ مقاله در مجله

چکیده

هدف از این تحقیق، پیش­بینی مؤلفه ­های واریانس- کواریانس فراسنجه­های منحنی تولید تخم و همبستگی ژنتیکی آنها با برخی صفات اقتصادی با استفاده از مناسب ترین تابع توصیف­کننده منحنی تولید تخم در سویه وحشی بلدرچین بود. بدین منظور رکوردهای روزانه تولید تخم در طول بیست هفته اول برای برازش منحنی مورد استفاده قرار گرفت. پنج تابع لجستیک غیرخطی، گامای ناقص (وود)، جزءبه‌جزء، گامای تصحیح­شده و لجستیک نلدر توسط برنامه کامپیوتری R برازش شده و تابع مناسب با استفاده از معیارهای برازش نکویی تعیین شد. بعد از انتخاب مناسب ترین تابع، پارامتر منحنی تولید تخم برای هر یک از بلدرچین­ ها محاسبه شده و همبستگی ژنتیکی آنها با سن و وزن بلوغ، تعداد تخم، مجموع و میانگین تخم تولیدی در طول 20 هفته اول برآورد شد. همبستگی ژنتیکی بین صفات با استفاده از مدل حیوانی دو صفتی و روش نمونه­ گیری گیبس توسط نرم ­افزار Gibbs3f90 محاسبه شد. براساس معیارهای برازش نکویی، تابع گامای تصحیح­شده مناسب ترین تابع توصیف­کننده تولید تخم در بلدرچین بود. برآورد وراثت­ پذیری برای نرخ کاهشی تولید نسبت به نرخ افزایشی تولید بالاتر بوده (231/0 در مقایسه با 148/0) و وراثت­ پذیری وزن بلوغ بالاتر از سن بلوغ بدست آمد. همچنین در بین صفات تولیدی مورد بررسی، وراثت­ پذیری تعداد تخم بالاتر از مجموع و میانگین وزن تخم برآورد شد. بالاترین و پایین ­ترین همبستگی ژنتیکی به­ترتیب بین نرخ کاهشی و افزایشی تولید (764/0-) و نرخ افزایشی تولید با وزن بلوغ (031/0-) بدست آمد. نتایج پژوهش حاضر نشان داد که مجموع و میانگین وزن تخم و سن بلوغ می­ تواند جهت بهبود پارامترهای منحنی تخم در هدف انتخابی سویه وحشی مورد توجه قرارگیرد.

Estimation of additive and non-additive genetic variance component for growth traits in Adani goats

Hadi Faraji-Arough,,Mohammad Rokouei,Mehdi Vafaye Valleh,مختار علی عباسی
Netherlands , Tropical Animal Health and Production , Year : 2019 , Pages: 1-10, ISSN:0049-4747 Journal Paper

Abstract

Non-additive genetic effects are important to increase the accuracy of estimating genetic parameters for growth traits. The aim of this study was to estimate genetic parameters and variance components, specially dominance and epistasis genetic effects, for growth traits (birth weight (BW), weaning weight (WW), 3 (W3), 6 (W6), 9 (W9), and 12 (W12) month weight) in Adani goats. Analyses were carried out using Bayesian method via Gibbs sampler animal model by fitting of 18 different models. All fixed effects (sex, type of birth, age of dam, and year) showed significant effects on BW, WW, W3, and W6, whereas the type of birth and age of dam were not significant on W9 and W12. With the best model, direct heritability estimates were 0.347, 0.178, 0.158, 0.359, 0.278, and 0.281 for BW, WW, W3, W6, W9, and W12 traits, respectively. Maternal permanent environmental effect was significant for BW and WW, but maternal genetic effect was significant only for W3. Dominance and epitasis effects were significant almost for all traits and as a proportion of phenotypic variance were ranged from 0.115 to 0.258 and 0.107 to 0.218, respectively. The range of accuracy of breeding values estimated for growth traits with appropriate evaluation models was from 0.521 to 0.652, 0.616 to 0.694, and 0.548 to 0.684 for the all animals, 10% of the best males and 50% of the best females, respectively. When dominance and epistasis effects added to models, the error variance was reduced and the accuracy of estimated breeding values increased. The accuracy of the best model showed a significant difference with the accuracy of other models (p < 0.01). The result of the present study suggests that non-additive genetic effects should be in genetic evaluation models for goat growth traits because of its effect on accuracy of estimated breeding values

ارتباط مزاج با عملکرد و برخی فراسنجه های خونی گوساله های سیستانی

مصطفی یوسف اللهی,مرتضی کیخاصابر,محمد رکوعی,خمیدرضا میرزایی,محمدرضا دهقانی
ايران ، نشریه علوم دامی (پژوهش و سازندگی) ، سال : 2018 ، صفحات : 225-234، شاپا: 2588-6436 مقاله در مجله

چکیده

به منظور بررسی ارتباط بین مزاج گوساله ها در زمان از شیرگیری با عملکرد تیپ بدن و برحی فراسنجه های حونی از 42 راس گوساله (19 ماده و 24نر) از توده گاو سیستانی استفاده شد. هنگام از شیرگیری با انجام روش های امتیاز آغل امتیاز راهرو و امتیاز جایگاه مهار آزمون مزاج انجام شد. گوساله ها به سه گروه آرام متوسط و تند مزاج تقسیم شدند. شاخص های اندازه گیری شده شامل دمای بدن، ضربان قلب طول دست و کمر اندازه دم دور قفسه سینه قطر قطر ساق دست و پا اندازه پیشانی و گوش و همچنین غلظت گلوکزپروتئین کل کراتینین تری کلیسرید انسولین، HDL LDL T3 و T4 در سرم بود. نتایج تجزیه و تحلیل آماری بوسیله نرم افزار R-3.3.2 نشان داد سرعت رشد و ضریب تبدیل در گوساله های آرام بهتر از دو گروه دیگر بود. در گروه آرام ضربان قلب نسیب به دو گروه دیگر و دمای بدن نسبت به گروه تند مزاج کمتر بود. ط.ل پیشانی گوش کمر اندازه دست قطر ساق دست و پا در گروه آرام بیشتر از گروه تند مزاج بود. غلظت انسولین سرم گروه آرام بیشتر از گروه تند مزاج بود. تری گلیسیرید، HDL ، LDLو گلوکز در گروه آرام کمتر از تند مزاج بود. این نتایج نشان داد توجه به نوع رفتار دام در برنامه های اصلاح نژادی و انتخاب ممکن است بتواند در بلند مدت کمک قابل توجهی در افزایش بهره وری دام ها کند.

Bayesian inference of genetic parameters for reproductive traits in Sistani native cows using Gibbs sampling

Hadi Faraji-Arough,Mohammad Rokouei
IRAN , Journal of Livestock Science and Technologies , Year : 2016 , Pages: 39-49, ISSN:2322-3553 Journal Paper

Abstract

This study was undertaken to estimate the genetic parameters for some reproduction traits in Sistani beef cattle. The data set consisted of 1489 records of number of insemination, calving, and insemination dates in different calving was used. Reproduction traits including calving interval (CI), gestation length (GL), days open (DO), calving to first service (CTFS), first service to conception (FSTC), conception rate (CR), pregnancy rate (PR), and number of insemination per conception (NSPC) have been evaluated. The variance components for traits were estimated using of different single-trait animal models analyzed via Gibbs and correlations between traits were estimated using the best multi-trait animal models. After convergence, the posterior mean of heritability for CI, GL, DO, CTFS, FSTS, CR, PR and NSPC in the best model were estimated as 0.032, 0.113, 0.096, 0.002, 0.012, 0.082, 0.023, and 0.123, respectively. The highest and lowest genetic correlations were found for CI×CR (-0.999) and CTFS×NSPC (0.001), respectively. The results showed that the additive genetic for the most of reproduction traits in Sistani beef cattle was low so doing selection for these traits would make slow progression. However, the estimated heritability of GL, DO, and NSPC and also genetic correlation of these traits with CI, CR and PR may suggest that selection for these traits in Sistani beef cattle could be an effective way to make genetic improvement.

Comparative study of growth patterns in seven strains of Japanese quail using nonlinear regression modeling

Hadi Faraji-Arough,Mohammad Rokouei,ali maghsoodi,ghazaghi Mahmoud
Turkey , Turkish Journal of Veterinary and Animal Sciences , Year : 2018 , Pages: 441-451, ISSN:1300-0128 Journal Paper

Abstract

Te aim of this study was to compare the growth pattern of seven strains of Japanese quail including Wild, Italian Speckled,Tuxedo, Scarlett, English white, White button, and A&M Texas by nonlinear growth functions including Gompertz, Richards, logistic, Lopez, and Weibull functions. Te body weights of the unselected randomly bred populations of these strains were measured weekly from 1 to 42 days of age and then used to ft functions. Te ftness of each function was assessed by statistics including the mean square error, Akaike information criterion, Bayesian information criterion, and adjusted coefcient of determination. Te results showed that Gompertz was the best function for describing the growth curve in Italian Speckled and Wild strains; however, the best function for the other strains was the logistic function. Te maximum and minimum values for age and weight at the inflection point were obtained for the White button and Scarlett strains, respectively. Te weight to age ratio at the inflection point was maximized for Italian Speckled. Te best growth rate was observed for the Italian Speckled strain, whereas the White button strain exhibited the worst growth rate. In conclusion, the Italian Speckled strain had the best properties among the tested strains for breeding as broiler poultry.

تجزیه و تحلیل چند صفتی وزن بدن در جمعیت آمیخته بلدرچین ژاپنی با استفاده از روش آماری بیزی

هادی فرجی آروق,خدیجه ابراهیمی,غلامرضا داشاب,محمد رکوعی
ايران ، نشریه علوم دامی (پژوهش و سازندگی) ، سال : 2019 ، صفحات : 0-0، شاپا: 2588-6436 مقاله در مجله

چکیده

وزن بدن یکی از صفات مهم اقتصادی در برنامه¬های اصلاح نژادی پرندگان گوشتی است. پارامترهای ژنتیکی هر جمعیت متأثر از شرایط محیطی مختلف می¬باشد. لذا لازمه هر فعالیت اصلاح نژادی در طیور برآورد این پارامترهاست. هدف این پژوهش برآورد مؤلفه¬های (کو)واریانس و فراسنجه¬های ژنتیکی صفات وزن بدن از هچ تا 45 روزگی جمعیت آمیخته بلدرچین ژاپنی با استفاده از 1794 رکورد وزن بدن حاصل از 70 پرنده نر و 72 پرنده ماده بود. برآورد فراسنجه¬های ژنتیکی و غیرژنتیکی با استفاده از مدل چندصفتی در برگیرنده اثرات ژنتیکی افزایشی، ژنتیکی غیر¬افزایشی و اثرات مادری و تکنیک نمونه¬گیری گیبس انجام شد. وراثت¬پذیری به دست آمده برای صفات وزن بدن در روز هچ، 5، 10، 15، 20، 25، 30، 35، 40 و 45 روزگی به ترتیب 16/0، 11/0، 12/0، 14/0، 15/0، 18/0، 20/0، 19/0، 17/0 و 17/0 بود. وراثت¬پذیری مادری، نسبت واریانس محیط دائمی مادری به واریانس فنوتیپی، نسبت واریانس غالبیت و اپیستازی به واریانس فنوتیپی به ترتیب در دامنه 32/0- 39/0، 23/0- 36/0، 04/0- 10/0 و 03/0 - 13/0 برآورد شدند. بیشترین مقدار همبستگی ژنتیکی بین وزن 35 و 30 روزگی (94/0) و کمترین مقدار آن بین وزن هچ و 5 روزگی (16/0) بود. نتایج نشان داد که اثرات مادری و ژنتیکی غیرافزایشی جهت برآورد دقیق¬تر پارامترهای ژنتیکی باید در مدل منظور شوند و همچنین، انتخاب بلدرچین¬ها برای وزن بدن 25 روزگی به دلیل همبستگی بالای آن با 45 روزگی و وراثت¬پذیری بالای آن می¬تواند باعث پیشرفت ژنتیکی خوب در وزن بدن 45 روزگی شود.

تجزيه جايگاه هاي ژني (QTL) با مدل هاپلوتيپ تصادفي و تاثير طول هاپلوتيپ در تشخيص مكانهاي ژني صحيح

غلامرضا داشاب,محمد رکوعی
the Fifth Congress on Animal Science ، سال : 2012 مقاله کنفرانسی

چکیده

مقايسه مدلهاي مختلط خطي تك نشانگري (MMA) و هاپلوتيپ تصادفي (RHM) در مكان يابي QTL

غلامرضا داشاب,محمد رکوعی,
3rd Iranian Agricultural Biotechnology Congress ، سال : 2012 مقاله کنفرانسی

چکیده

بررسي چىدشكلي ژن IGF-1 در گاوهاي سيستاني با استفاده از روش PCR-RFLP

غلامرضا داشاب,سمیه براهویی علی پور,,محمد رکوعی
The 1st National Conference on Stable Agriculture and Natural Resources ، سال : 2014 مقاله کنفرانسی

چکیده

تاثير ژن ميوستاتين بر صفات وزن در گوسفند لري

غلامرضا داشاب,فاطمه بهرام زاده,,محمد رکوعی
The 1st National Conference on Stable Agriculture and Natural Resources ، سال : 2014 مقاله کنفرانسی

چکیده

?چند شكلي ژن هاي باروري GDF9 و BMP15 در بزهاي مرخز

غلامرضا داشاب,اعظم خسروی زرندی,محمد رکوعی,
The 1st National Conference on Stable Agriculture and Natural Resources ، سال : 2014 مقاله کنفرانسی

چکیده

ارتباط چند شكلي ژن هاي باروري GDF9 و BMP15 بر صفات وزن در بز مرخز

غلامرضا داشاب,اعظم خسروی زرندی,محمد رکوعی,
The 1st National Conference on Stable Agriculture and Natural Resources ، سال : 2014 مقاله کنفرانسی

چکیده

مطالعه ارتباط چند شكلي ژن IGF-1 با صفات رشدي در گاو سيستاني

غلامرضا داشاب,سمیه براهویی علی پور,,محمد رکوعی
The 1st National Conference on Stable Agriculture and Natural Resources ، سال : 2014 مقاله کنفرانسی

چکیده

مطالعه تنوع مرفولوژيك جمعيت‌هاي مختلف بيوجغرافيايي زنبور پارازيتوييد Diaeretiella rapae (M’Intosh) (Hym., Braconidae, Aphidiinae).

حسین براهوئی,احسان رخشانی زابل,پریسا شرفخواه,محمد رکوعی
بيستمين و يكمين كنگره گياهپزشكي ايران ، سال : 2014 مقاله کنفرانسی

چکیده

بررسي چندشكلي ژن ‏FABP4‎‏ و ارتباط آن با صفات رشد در گاوهاي سيستاني و دشتياري

غلامرضا داشاب,سمانه ابولی,محمد رکوعی,
دومين همايش كشاورزي و منابع طبيعي پايدار ، سال : 2014 مقاله کنفرانسی

چکیده

  •    Direct Phone: _
  •    Internal Phone: _
  •    Fax: _
  •    Email: Rokouei@uoz.ac.ir