Academic Positions

  • Associate professor2013

    Department of Animal Sciences

  • Associate professor2019

    Department of Animal Sciences

Educations

  • 1970Bachelor of Science

    Agricultural Engineering-Animal Sciences

    Sistan and Baluchestan

  • 1970Master of Science

    Agricultural Engineering - Animal Science (Animal Physiology)

    Ferdowsi University of Mashhad

  • 1970Ph.D

    Animal Science

    Ferdowsi University of Mashhad

Executives

Favouriates

Filter by type:

Sort by year:

تعیین اهداف اصلاحی و ضرایب اقتصادی بز عدنی در سیستم پرورش مرتعی

هادی فرجی آروق,سیدابوطالب صادقی,محمد رکوعی,مهدی وفای واله,مختار علی عباسی
ايران ، پژوهش در نشخوارکنندگان ، سال : 2018 ، صفحات : 21-34، شاپا: 2345-4253 مقاله در مجله

چکیده

سابقه و هدف: افزایش سوددهی هر واحد تولیدی، مهمترین راهکار برای افزایش قدرت رقابت آن در همه زمینه‏ها و از جمله دامپروری می‏باشد. اولین قدم در طراحی برنامه‏های اصلاح نژاد دام، تصمیم‏گیری در مورد اهداف اصلاحی مناسب بوده و بزرگ‏ترین عامل در ناکارآمد بودن برنامه‏های اصلاح نژاد دام، عدم تبیین صحیح اهداف اصلاحی است. بنابراین تعیین اهداف اصلاحی و ضرایب اقتصادی صفات مهم در بز عدنی که یکی از دام‏های مهم نوار ساحلی خلیج فارس است، کمک زیادی برای اصلاح نژاد این دام خواهد کرد. مواد و روش‏ها: در این مطالعه از یک مدل ثابت قطعی که فرض می‏کند تنوعی در میان حیوانات برای صفات مهم مورد استفاده در محاسبه ضرایب اقتصادی وجود ندارد، استفاده گردید. به منظور برآورد پارامترهای مورد نیاز (جمعیتی، تولیدی، تولیدمثلی، مدیریتی و اقتصادی)، به مدت یک سال کامل تولید (از ابتدای شهریور 95 تا ابتدای شهریور 96)، تعداد 7 گله بز عدنی با 920 رأس بز مولد تحت رکوردگیری مستقیم قرار گرفتند. با تشکیل معادلات سود و تغییر صفات به اندازه یک درصد یا یک واحد، در حالی که میانگین سایر صفات در حد میانگین جمعیت ثابت بودند، ضرایب اقتصادی صفات محاسبه گردید. وزن اقتصادی صفات به ازاء یک انحراف معیار ژنتیکی افزایش در صفت مربوطه در حالی که سایر صفات در حد میانگین ثابت نگه داشته شدند، محاسبه شد. برای مقایسه صحیح ضرایب اقتصادی صفت‏ها، اهمیت نسبی آنها تعیین شد. یافته‏ها: نتایج این تحقیق نشان داد که بیشترین درآمد، سهم فروش بزغاله و شیر و بیشترین هزینه سهم مدیریت و کارگری بود. صفاتی که جزء اهداف اصلاحی بز عدنی به دست آمدند شامل میزان بزغاله‏زایی، تعداد زایش در سال، تعداد بزغاله متولد شده در هر زایش، وزن فروش بزغاله در 12 ماهگی، میزان آبستنی، زنده‏مانی بزغاله تا شیرگیری، زنده‏مانی بز مولد، زنده‏مانی از شیرگیری تا فروش، شیر تولیدی، وزن بلوغ بزهای مولد و میزان دوقلوزایی با ضرایب اقتصادی به ترتیب 7/22، 5/17، 8/12، 1/12، 1/10، 8/9، 9، 6/4، 9/1، 7/0-، 3/0 بودند. نتیجه‏گیری: در بز عدنی صفات تولیدمثلی، ماندگاری و تولیدی به ترتیب دارای بیشترین اهمیت هستند. با توجه به شرایط حاکم بر سیستم پرورش این دام، صفات تعداد زایش در سال، میزان بزغاله‏زایی، تعداد بزغاله متولد شده در هر زایش، وزن فروش بزغاله در 12 ماهگی، میزان آبستنی، زنده‏مانی بزغاله تا شیرگیری، زنده‏مانی بز مولد، زنده‏مانی از شیرگیری تا فروش و شیر تولیدی به ترتیب از مهمترین صفات هستند و باید در برنامه‏های اصلاح نژاد بز عدنی مورد توجه بیشتری قرار گیرند.

Optimal doses of EGF and GDNF act as biological response modifiers to improve porcine oocyte maturation and quality

Mehdi Vafaye Valleh,,Mikkel Aabech Rasmussen,Poul Hyttel
English , Zygote , Year : 2017 , Pages: 1-11, ISSN:0967-1994 Journal Paper

Abstract

It is well documented that both epidermal growth factor (EGF) and glial cell line-derived neurotrophic factor (GDNF) are critical for porcine oocyte maturation, however, little information is known about their mechanism of action in vitro. To gain insight into the mechanisms of action of the optimum doses of EGF and GDNF on porcine oocyte maturation, porcine cumulus–oocyte complexes (COCs) were matured in defined porcine oocyte medium supplemented with EGF, GDNF or a combination of both at varying concentrations (0–100 ng/ml) for 44 h. Nuclear and cytoplasmic maturation were determined in terms of nuclear stage after DNA staining with Hoechst and cortical granule distribution after lectin labeling, respectively. Mature oocytes were subsequently collected for gene expression analysis or subjected to in vitro fertilization and cultured for 7 days. The results showed that EGF and/or GDNF, when administered in a certain dose (50 ng/μl) to the maturation medium, not only effectively improved the synchronization of nuclear and cytoplasmic maturation processes within the oocyte, but enhanced expression of their corresponding receptors in mature oocytes (P < 0.05). Moreover, supplementation with an optimal combination of EGF + GDNF resulted in elevation of TFAM transcripts as well as a decrease of caspase-3 transcripts compared with the other studied groups (P < 0.05). Collectively, our results indicate that treatment of porcine oocytes with specific-dose combinations of EGF and GDNF stimulates oocyte quality and competence by transcriptional modulation of genes involved in oocyte survival and competence.

اثر تزریق زرده تخم مرغ بومی خزک به زرده تخم مرغ سویه راس بر عملکرد، ایمنی و بیان ژنTLR4

مهدی وفای واله,فرزانه بازماندگان شمیلی,غلامرضا داشاب,فرزاد باقرزاده کاسمانی
ايران ، تولیدات دامی ، سال : 2017 ، صفحات : 507-519، شاپا: 2009-6776 مقاله در مجله

چکیده

به منظور ارزیابی اثرات مادری بر تکوین سیستم ایمنی نتاج، اثر تزریق زرده تخم­مرغ­های بومی خزک به زرده تخم­مرغ­های سویه تجاری راس بر عملکرد، ایمنی و بیان ژن TLR4 در مرغ­های سویه تجاری راس تعیین شد. بدین منظور تعداد 150 عدد تخم­مرغ سویه راس به طور تصادفی به دو گروه آزمایشی 75 تایی که شامل گروه I (گروه شاهد - تزریق زرده سویه راس) و گروه II (تزریق زرده نژاد خزک) تقسیم و برای مدت سه هفته در در دستگاه جوجه کشی خوابانده و پس از هچ با جیره متوازن به مدت شش هفته پرورش داده شدند. سه پرنده به طور تصادفی در روزهای 27 و 42 انتخاب و کشتار شدند و وزن اندام‌های مؤثر در ایمنی (کبد، بورس و تیموس) اندازه‌گیری شدند. تیتر آنتی‌بادی علیه ویروس نیوکاسل و بیان نسبی ژن TLR4 در کبد نمونه‌های آزمایشی بررسی شد. تزریق زرده خزک به تخم­مرغ­های سویه راس سبب بهبود عملکرد رشد، پاسخ ایمنی و نیز سبب کاهش بیان ژن TLR4 در کبد جوجه‌ها در مقایسه با گروه شاهد شد (05/0P<). بر اساس نتایج این پژوهش ممکن است تزریق زرده تخم­مرغ های بومی خزک به تخم مرغ های سویه تجاری راس در روز اول جنینی، سبب بهبود کارائی سیستم ایمنی مرغان سویه راس در سنین بالاتر بشود.

تعیین برنامه مناسب برای اصلاح‏ نژاد بز عدنی با استفاده از شبیه ‏سازی تصادفی

هادی فرجی آروق,سیدابوطالب صادقی,محمد رکوعی,مهدی وفای واله,مختار علی عباسی
ايران ، نشریه علوم دامی (پژوهش و سازندگی) ، سال : 2019 ، صفحات : 81-94، شاپا: 2588-6436 مقاله در مجله

چکیده

این مطالعه باهدف مقایسه میزان پیشرفت ژنتیکی، تغییرات هم‏خونی و فاصله نسل منتج از سه برنامه اصلاح‏نژاد هسته باز، هسته بسته و نر مرجع با روش شبیه‏سازی تصادفی با نرم‏افزار ADAM انجام شد. چهار سطح اندازه گله، سه سطح تعداد ماده به ازاء هر نر و چهار شاخص انتخاب در سه برنامه اصلاح‏نژاد ( هسته باز، هسته بسته و نر مرجع) ترکیب شده و در مجموع 144 سناریو مقایسه گردید. بیشترین میزان پیشرفت ژنتیکی کل و پیشرفت ژنتیکی صفات در سیستم هسته باز بدست آمد. هسته بسته کمترین فاصله نسل را داشته و از نظر میزان هم‏خونی بین دو سیستم دیگر بود. سیستم نر مرجع نیز دارای کمترین میزان هم‏خونی و بیشترین فاصله نسل بود. فاصله نسل تحت تأثیر اندازه گله تفاوت معنی‏داری در تمام سطح گله نشان داد و با افزایش اندازه گله زیاد شد. تعداد بز ماده به ازاء هر نر به شدت میزان هم‏خونی و فاصله نسل را تحت تأثیر قرار داد ولی پیشرفت ژنتیکی کل و پیشرفت ژنتیکی صفات کمتر تحت تأثیر قرار گرفت و در شرایط انتخاب 25 ماده به ازاء هر نر بیشترین میزان پیشرفت ژنتیکی کل و پیشرفت ژنتیکی صفات مشاهده گردید. شاخص‏های انتخاب استفاده شده تنها روی پیشرفت ژنتیکی کل تأثیر معنی‏داری نشان دادند و بیشترین مقدار آن در شاخص 4 (شامل وزن فروش، تعداد زایش در سال و تعداد بزغاله متولد شده در هر زایش) بدست آمد. با درنظر گرفتن اندازه گله در هسته‏ها تفاوت معنی‏داری در پیشرفت ژنتیکی کل و فاصله نسل مشاهده شده اما ضریب هم‏خونی تحت تأثیر قرار نگرفت. در سیستم هسته باز، بسته و نر مرجع به ترتیب گله‏های 200، 300 و50 رأسی و سناریوهای 15، 25 و 35 ماده به نر مناسب‏تر بودند. با درنظر گرفتن شاخص‏های انتخاب در سه سیستم اصلاح‏نژاد، شاخص 4 به علت سادگی و پیشرفت ژنتیکی بیشتر، بهترین بود.

Genomic Evaluation and Variance Component Estimation of Additive and Dominance Effects Using Single Nucleotide Polymorphism Markers in Heterogeneous Stock Mice

ٖGholam reza dashab,Morteza Mahdavi,Mehdi Vafaye Valleh,Mohammad Rokouei,مهدی سرگلزایی
check , Czech Journal of Animal Science , Year : 2018 , Pages: 492-506, ISSN:1212-1819 Journal Paper

Abstract

ABSTRACT Mahdavi M., Dashab G.R., Vafaye Valleh M., Rokouei M., Sargolzaei M.: (2018): Genomic evaluation and variance component estimation of additive and dominance effects using single nucleotide polymorphism markers in heterogeneous stock mice. Czech J. Anim. Sci., 63, 492–506. Exploration of genetic variance has mostly been limited to additive effects estimated using pedigree data and non-additive effects have been ignored. This study aimed to evaluate the performance of single nucleotide polymorphisms (SNPs) marker models in the mixed and orthogonal framework including both additive and nonadditive effects for estimating variances and genomic prediction in four diabetes-related traits in heterogeneous stock mice. Models have performed differently in detecting SNPs affecting traits. Dominance variances explained over 14.7 and 3.8% of genetic and phenotype variance in a Genomic prediction and variance component estimation method (GVCBLUP) framework. Reliabilities of additive Genomic best linear unbiased prediction model (GBLUP) in different traits ranged from 44.8 to 66.6%, for GVCBLUPs framework including both additive and dominance effects (MAD), and 46.1 to 69% for the model including additive effect (MA). Dominance GBLUP reliabilities ranged from 6 to 26.4% for MAD and from 22.5 to 50.5% in the model including dominance (MD). MA and MD had higher reliability for additive and dominance GBLUPs compared to MAD. Reliabilities of GBLUPs in MAD and MA for all traits were not significant except for growth slope (P < 0.01). In orthogonal framework models, epistasis variances accounted for a greater proportion (87.3, 89.1, 95.5, and 77.2%) of genetic variation for end weight, growth slope, body mass index, and body length, respectively. Heritability in a broad sense was estimated at 1.12, 1.67, 3.64, and 2.0%, in which non-additive heritability had a significant contribution. Genetic variances explained by dominance using GVCBLUPs were 16.8, 29.4, 14.6, and 14.9% for the traits. Generally, the non-additive models had a lower value of deviance information criterion (DIC) and performed better in estimating the variance component. Comparing the estimated variance by orthogonal framework models confirmed the results previously estimated by GVCBLUPs, with the difference that the estimates were shrinking. Following significant SNPs affecting diabetes-related traits by post-genome-wide studies could reveal unknown aspects and contribute to genetic control of the disease.

مطالعه روابط تکاملی و فیلوژنتیکی ژن گلوتاتیون پراکسیداز- ۱ در جمعیتهای مرغ خزک و راس 3

غلامرضا داشاب,رخساره نجم الدینی,مهدی وفای واله,نصراله مرادی کر
ايران ، تولیدات دامی ، سال : 2018 ، صفحات : 225-241، شاپا: 2009-6776 مقاله در مجله

چکیده

چکیده استرس گرمایی یکی از مهمترین عوامل استرسزای محیطی است که تولید طیور در دنیا به خصوص در مناطق گرم همانند استان سیستان و بلوچستان در ایران را با چالش همراه کرده است. استرس گرمایی موجب افزایش تولید رادیکالهای آزاد در بدن پرندگان میشود. گلوتاتیون پراکسیداز نقش مهمی به عنوان آنتیاکسیدان سلولی در استرس گرمایی ایفا میکند. هدف از انجام این در دو جمعیت راس ۳۰۸ و خزک بود. نمونههای خون از ۱۰ GPX- پژوهش، تجزیه تکاملی و فیلوژنتیک توالی نوکلئوتیدی 1 از DNA .) پرنده از دو جمعیت خزک و راس ۳۰۸ به طور تصادفی جمعآوری شد )پنج قطعه از خزک و پنج قطعه راس ۳۰۸ با استفاده از یک جفت پرایمر اختصاصی انجام گرفت. GPX- قطعه ۸۰۰ جفت بازی از 1 PCR خون کامل استخراج شد. تکثیر در مجموع نه هاپلوتیپ و ۱۳ ناحیه GPX- ارسال شد. همردیفی توالی قطعات 1 DNA سپس محصول تکثیر برای توالییابی متغیر را نمایان ساخت. از ۱۳ ناحیه چندشکل، پنج ناحیه جهشهای نقطهای بودند. ترسیم درخت فیلوژنتیک تشابه ژنتیکی بالایی را در بین دو جمعیت مورد مطالعه نشان داد، اما تفرق در درون جمعیتها نشان میدهد که امکان بهبود، تغییرات ژنتیکی و در GPX- افزایش مقاومت به استرسهای محیطی در نتیجه انتخاب وجود دارد. نتایج فاصله ژنتیکی و نواحی چندشکل 1 گونه های مختلف درخت فیلوژنتیک را تأیید نمودند. مطالعه فرآیندهای انتخاب مثبت نشان داد که انتخاب و تکامل نقش مهمی در فهم نقش زیستی این ژن دارند.

بررسی چندشکلی ژن MEG9 و ارتباط آن با وزن تولد در گاو های سیستانی

غلامرضا داشاب,حسین اکبری,مهدی وفای واله
ايران ، پژوهش های تولیدات دامی ، سال : 2017 ، صفحات : 194-200، شاپا: ۲۲۵۱-۸۶۲۲ مقاله در مجله

چکیده

به منظور بررسی چند­شکلی ژن­ MEG9 و ارتباط آن­ با وزن تولد در گاوهای سیستانی، از تعداد 130 رأس گوساله (نر و ماده) مرکز به­گزینی گاو سیستانی به طور تصادفی خونگیری به عمل آمد. استخراج DNA از خون کامل به روش فنل-کلروفرم انجام شد. واکنش زنجیره­ای پلی­مراز (PCR) جهت تکثیر قطعه 210 جفت بازی واقع در اگزون 3 ژن مذکور با استفاده از آغازگرهای اختصاصی انجام شد. شناسایی جهش­ها با روش SSCP با الکتروفورز محصولات پی­سی­آر بر روی ژل پلی­آکریل­آمید 8 درصد و رنگ­آمیزی نیترات نقره انجام گرفت. به منظور بررسی ارتباط الگوهای شناسایی شده در جایگاه ژنی MEG9 با وزن تولد در گوساله­های گاو سیستانی از مدل­های ثابت خطی و مقایسه میانگین­ها با روش توکی-کرامر انجام گرفت. نتایج مطالعه در جایگاه ژنی MEG9 سه الگوی باندی (ژنوتیپ) q1، q2 و q3 را به ترتیب با فراوانی­های 37، 34 و 29 درصد نشان داد. مطالعه همبستگی الگوهای مشاهده شده در جایگاه ژنی MEG9با صفت وزن تولد معنی­دار بود (05/0P<). در نهایت، نتایج این مطالعه نشان داد که ژن MEG9 می­تواند یک نشانگر مولکولی مناسب جهت انتخاب وزن تولد در گاوهای سیستانی باشد.

تجزیۀ تبارزایی و تکاملی توالی نوکلئوتیدی جایگاه ژن FASN

غلامرضا داشاب,هاجر رضاخانی نژاد,مهدی وفای واله
ايران ، علوم دامی ایران ، سال : 2017 ، صفحات : 185-196، شاپا: 2008-4773 مقاله در مجله

چکیده

در این بررسی به‌منظور آگاهی از روند تکاملی و مولکولی توالی نوکلئوتیدی جایگاه ژن FASN در پستانداران شمار 38 رأس گاو هلشتاین شیری (18 رأس کم تولید و 20 رأس پر تولید) انتخاب و خون‌گیری از ورید دمی آن‌ها انجام شد. استخراج DNA از خون کامل به روش فنول-کلروفرم صورت گرفت. واکنش زنجیره­ای پلیمراز برای افزایش قطعۀ 750 جفت بازی واقع در ناحیۀ اگزون 37 تا 39 جایگاه ژن FASN با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی انجام گرفت و محصول PCR تعیین توالی شدند. توالی نوکلئوتیدی جایگاه ژن FASN در جمعیت مورد بررسی با دیگر توالی­های DNA جایگاه یادشده در پستانداران بر پایۀ جستجو در بانک اطلاعاتی ژنگان یا ژنوم (NCBI) به‌دست‌آمده و هم­تراز شدند. درصد جانشینی و جایگزینی نوکلئوتیدها با استفاده از روش بیشترین درستنمایی و همچنین ترسیم درخت تبارزایی (فیلوژنتیک) و تعیین روند انتخاب طبیعی به روش اتصال-همسایگی NJ (Neighbor- Joining) و UPGMA با نرم‌افزارهای MEGA6 و Dnasp5.1 انجام گرفت. نتایج به‌دست‌آمده از بررسی‌های داده‌های زیستی (بیوانفورماتیک) نشان داد، در درصد جانشینی در بازهای پورین بیشتر از بازهای پیریمیدین بود. میزان عددی نسبت جایگزینی dN/dS در مقایسۀ توالی جایگاه ژن FASN در بین دو گروه گاوهای شیری پر تولید و کم تولید و همچنین در مقایسه با دیگر گونه­ها به ترتیب برابر با 16/1 و 12/1 محاسبه شدند که نشان‌دهندۀ انتخاب مثبت در فرآیند تکامل این ژن است. درخت تبارزایی برای ژن یادشده در موجودهای مختلف نشان داد، که در دستۀ پستانداران بوفالو و گاومیش، گربه و یوزپلنگ خویشاوندی بیشتری دارند (98%، 57%). نتایج نشان می­دهد، تفرق و انتخاب در طی سالیان متمادی سبب به وجود آمدن رقم­های جدید، پروتئین­های جدید و از سویی سبب تثبیت عملکرد آن‌ها در طی روند تکامل و پیشرفت در جهت خالص­سازی عملکرد آن‌ها شده است.

چند‌شکلی تک‌نوکلئوتیدی ناحیه پروموتور ژن ‏TFAM‏ و ارتباط آن با صفات رشد در ‏گاو سیستانی

غلامرضا داشاب,حسین مرادقلی,مهدی وفای واله
ايران ، نشریه علوم دامی (پژوهش و سازندگی) ، سال : 2017 ، صفحات : 0-0، شاپا: 2588-6436 مقاله در مجله

چکیده

گاو سیستانی نژاد گوشتی و از ذخایر ژنتیکی با‌ارزش کشور است که از لحاظ تولید گوشت، کمیت و ‏کیفیت لاشه و بازده غذایی مناسب است. در پژوهش حاضر‎ ‎به‎ ‎منظور‎ ‎بررسی‎ ‎چند‌شکلی ژن ‏TFAM‏ ‏‏(‏Mitochondrial transcription factor A‏) با استفاده از ‏PCR-RFLP، از 150 رأس‏ گاو سیستانی به‎ ‎صورت‎ ‎تصادفی‎ ‎و‎ ‎انفرادی خونگیری از ورید گردنی انجام گرفت. سپس نمونه‌‌های‎ ‎خون‎ ‎دام‌ها‎ ‎با‎ ‎روش ‏شستشوی نمکی بهینه شده استخراج‎ ‎وکیفیت‎ ‎آنها با الکتروفورز ژل آگارز 1 درصد بررسی گردید. ناحیه ‏پروموتور جایگاه ‏TFAM‏ به طول ‏bp‏801 با روشPCR ‎‏ تکثیر و محصول ‏PCR‏ توسط آنزیمBsuRI ‎‏ برش‎ ‎داده‎ ‎شد. محصولات‎ ‎هضم‎ ‎شده‎ ‎توسط‎ ‎الکتروفورز‎ ‎با‎ ‎ژل‎ ‎آگارز‎ ‎‏3 درصد و‎ ‎رنگ‎ ‎آمیزی‎ ‎اتیدیوم‎ ‎بروماید ‏نمایان‌سازی گردید. با توجه به این که آنزیم برشی مذکور در قطعه تکثیر شده دارای چندین سایت برشی ‏می‌باشد، نتایج‎ ‎الگوی هضمی در حیوانات هموزیگوت (‏AA‏) سه باند با اندازه 152، 187 و 462‏‎ ‎جفت باز، ‏در حیوانات هموزیگوت (‏CC‏) چهار باند با اندازه 83، 104، 152 و 462 جفت باز و نهایتاً‏ در حیوانات ‏هتروزیگوت (‏AC‏) پنچ باند با اندازه‌های 83، 104، 152، 187 و 462 جفت باز مشاهده گردید. داده‌های‎ ‎آماری‎ ‎با‎ ‎استفاده نرم‎ ‎افزار ‏POPGENE3.2‎‏ مورد‎ ‎تجزیه‎ ‎و‎ ‎تحلیل‎ ‎قرار‎ ‎گرفت. جمعیت‎ ‎در جایگاه ‏TFAM‏ ‏انحراف از تعادل هاردی-‏‎ ‎واینبرگ را نشان داد(05/0>‏P‏). شاخص‎ ‎شانون(‏I‏)،‎ ‎شاخص‎ ‎نئی،‎ ‎هتروزیگوسیتی‏‎ ‎مشاهده‎ ‎شده‎ ‎و‎ ‎هتروزیگوسیتی‏‎ ‎مورد‎ ‎انتظار‎ ‎به‎ ‎ترتیب، 69، 49، 37، 50 درصد محاسبه‎ ‎شد. در مطالعه حاضر ‏ارتباط معنی‌داری بین ژنوتیپ‌های گاو سیستانی در جایگاه ژنTFAM ‎‏ با صفات رشد مشاهده نشد‎.‎

ارتباط چندشکلی ژن‌های GDF9 و BMP15 با صفت چند‌قلوزایی در بز مرخز

غلامرضا داشاب,اعظم خسروی زرندی,محمد رکوعی,مهدی وفای واله
ايران ، پژوهش های تولیدات دامی ، سال : 2016 ، صفحات : 0-0، شاپا: ۲۲۵۱-۸۶۲۲ مقاله در مجله

چکیده

چند‌قلوزایی یکی از مهم­ترین صفات اقتصادی در پرورش بز است، که علاوه بر تأثیر‌پذیری از ژن‌های کوچک اثر، تحت تأثیر ژن‌های با اثر بزرگ نیز می‌باشد. در دهه‌های اخیر مشخص شد که دو عضو متعلق به خانواده فاکتورهای رشد با منشأ اووسیتی به نام­هایGDF9 وBMP15 برای رشد فولیکولی و تخمک‌ریزی ضروری هستند. هدف از پژوهش حاضر مطلعه­ی چند شکلی در جایگاه­های ژنی GDF9 وBMP15 و ارتباط الگوهای ژنوتیپی شناسایی شده در جایگاه­های مذکور با میزان چندقلوزایی است. نمونه خون از تعداد 50 رأس بز مرخز به‌طور تصادفی گرفته شد و استخراج DNA با روش بهینه یافته نمکی انجام گرفت. واکنش زنجیره‌ای پلیمراز برای تکثیر قطعه 862 جفت بازی از اگزون 2 ژن BMP15 و قطعه 995 جفت بازی از اگزون 2 ژن GDF9 انجام گرفت. محصولات PCR پس از هضم توسط آنزیم Hinf1 برروی ژل آگارز 3 درصد الکتروفورز و بر اساس الگوی باندی مشاهده شده ژنوتیپ دام­ها تعیین شد. در جایگاه BMP15 دو الل B و b با فراوانی­های به­‌ترتیب 96/0 و 04/0 و ژنوتیپ‌های BB، Bb و bb به­‌ترتیب با فراوانی­های 94/0، 04/0 و 02/0 مشاهده شد. هم­چنین، در جایگاه GDF9 فراوانی آلل‌های A و a به‌‌ترتیب 68/0 و 32/0 و فراوانی ژنوتیپ‌های AA، Aa و aa به‌ترتیب 60/0، 16/0 و 24/0 برآورد شد. شاخص نئی، PIC و هتروزایگوسیتی مورد انتظار در ژن BMP15 به‌ترتیب 47/0، 077/0 و 08/0 و در ژن GDF9 به‌ترتیب 34/0، 4/0 و 43/0 محاسبه شد. هم­چنین، ‌نتایج بررسی ارتباط الگوهای ژنوتیپی جایگاه‌های ژنی GDF9 وBMP15 و اثرات متقابل آنها بر صفت دوقلوزایی معنی‌دار بودند، بنابراین، می­توان نتیجه گرفت هر چند دو جایگاه ژنی GDF9 و BMP15 تنوع متوسط و پایین دارند، اما نقش مهمی در دوقلوزایی ایفا می­نمایند. لذا اطلاعات موجود می­تواند در برنامه‌های انتخاب برای افزایش دوقلوزایی در بز نژاد مرخز سودمند باشد.

بررسی چندشکلی ناحیۀ اگزون سوم ژن FABP4 در دو نژاد سیستانی و دشتیاری و ارتباط آن با صفات رشد در گاو های نژاد سیستانی

غلامرضا داشاب,سمانه ابولی,محمد رکوعی,مهدی وفای واله
ايران ، تولیدات دامی ، سال : 2015 ، صفحات : 107-117، شاپا: 2009-6776 مقاله در مجله

چکیده

چند‏شکلی ناحیۀ اگزون سوم جایگاه ژن FABP4 و ارتباط الگو‏های ژنوتیپی شناسایی‌شده با صفات مرتبط با رشد با استفاده از 45 رأس گاو شامل نژاد سیستانی (30 رأس) و دشتیاری (15 رأس) بررسی شد. DNA از خون کامل استخراج و کیفیت آنها به‌کمک الکتروفورز ژل آگارز یک درصد بررسی شد. پس از تکثیر زنجیره‏ای پلی‏مرازی (PCR) و هضم آنزیمی آنها با NlaIII و الکتروفورز روی ژل آگارز 8/2 درصد، الگو‏های ژنوتیپی دام‏ها براساس اندازه و تعداد باند‏ها تعیین شد. فراوانی نسبی الگو‏های باندی شناسایی‌شده شامل ژنوتیپ‏هایAA ، AB، و BB در دو نژاد سیستانی و دشتیاری به‌ترتیب 67، 30، و 3 و نیز 73، 27، و صفر درصد بودند. فراوانی آلل‏های A و Bدر جایگاه مطالعه‌شده در جمعیت سیستانی و دشتیاری به‌ترتیب 82، 18، 5/86، و 5/13 درصد محاسبه شد. شاخص‏‌های هتروزایگوسیتی شامل شاخص شانون (I)، شاخص نئی، هتروزایگوسیتی مشاهده شد و هتروزایگوسیتی مورد انتظار در جمعیت سیستانی و دشتیاری به‌ترتیب 48، 30، 30 و30 و 39، 11، 27 و 24 درصد برآورد شد. الگو‏های ژنوتیپی در جایگاه ژن FABP4 در جمعیت گاو سیستانی همبستگی معنی‌داری با وزن‌های شش، نه‌، و دوازده ماهگی نشان داد. بنابراین جایگاه مذکور می‏تواند به‌عنوان ژن کاندیدا در توصیف تنوع صفات مرتبط با رشد بعد از سن ازشیرگیری گوساله‏ها در برنامه‏های اصلاح نژادی استفاده شود.

ساختار ژنتیکی سویه‌های مختلف گونه تایگر بارب (Puntius tetrazona) با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره‌ای

غلامرضا داشاب,سیدایمان فاضل,مهدی وفای واله
ايران ، علوم و فنون شیلات ، سال : 2016 ، صفحات : 75-90، شاپا: 2322-5513 مقاله در مجله

چکیده

تنوع، ساختار ژنتیکی و میزان تفرق چهار سویه از ماهی زینتی بارب، Puntius tetrazona، شامل تایگر، رزی، آلبینو و گرین بارب با استفاده از نشانگر­های ریزماهواره­ای بررسی شد. استخراج DNA از160 قطعه ماهی (هر سویه 40 قطعه) از بافت باله پشتی با استفاده از کیت دنا-زیست آسیا و پروتکل شرکت انجام گردید. واکنش تکثیر 4 نشانگر با استفاده از آغازگرهایSm17، Sm25، Ma106 و Ma109 انجام و بر روی ژل آکریل آمید 8 درصد الکتروفورز شد. نتایج بیانگر چند­شکلی بودن تمام جایگاه‌های مورد مطالعه بود. تعداد آلل­های مشاهده شده چهار جایگاه در تمام جمعیت برابر با 21 آلل بود. میانگین تعداد آلل به‌ازای هر نشانگر در تمام جمعیت برابر با 25/5 و در دامنه 3 تا 6 آلل قرار داشت. متوسط تعداد آلل مشاهده شده هر سویه به‌ترتیب تایگر، گرین، آلبینو و رزی بارب برابر 25/3، 25/3، 4 و 25/3 آلل بودند. متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار در تمام جمعیت به‌ترتیب برابر با 24/0 و 49/0 بودند. اکثر جایگاه‌ها در جمعیت­های مختلف انحراف از تعادل هاردی-واینبرگ را نشان دادند. تجزیه داده­های مولکولی نشان داد که بخش قابل توجهی از تنوع افراد (97 درصد) در درون سویه­ها است. مقدارFst در مطالعه حاضر برابر با 03/0 بود که نشان از تفرق پایین جمعیت­ها است. تجزیه کلاستری UPGMA براساس فاصله ژنتیکیNei تفرق بسیار کمی در بین سویه­های مختلف تایگر بارب نشان داد. بنابراین، هر چند نشانگرهای ریزماهواره‌ای استفاده شده در مطالعه ساختار ژنتیکی سویه­ها مناسب بودند، اما درجه تفرق سویه­ها بسیار کم و حاکی از درجه خویشاوندی بالای آنها است.

اهمیت اثرات مادری در تنظیم پاسخ شاخص‌های التهابی و الگوی بیان ژن‌های TNF-α و Zo-1 در بافت روده و یا کبد جوجه‌های گوشتی سویه راس 308

مهدی وفای واله,ناهید کریمی زندی,فرزانه بازماندگان شمیلی
ايران ، تولیدات دامی ، سال : 2019 ، صفحات : 513-525، شاپا: 2009-6776 مقاله در مجله

چکیده

در این پژوهش، اثرات تزریق زرده تخم‌مرغ خزک به تخم‌مرغ سویه تجاری راس 308 بر برخی شاخص‌های التهابی و ایمنی، و نیز بیان نسبی ژن‌های TNF-α و یا Zo-1 در بافت روده و کبد نتاج بررسی شد. بدین منظور تعداد 250 تخم‌مرغ بارور سویه راس 308 بطور تصادفی به دو گروه آزمایشی یکسان شامل گروه آزمون (تزریق زرده خزک) و گروه شاهد (تزریق زرده راس) تخصیص داده شدند. پس از تفریخ، جوجه‌ها در شرایط یکسان استاندارد تحت برخی چالش‌های التهابی در سنین 28-21 روزگی برای مدت شش هفته پرورش یافتند. نمونه‌های خون و یا بافت پرندگان در روزهای 10 و 42 جمع‌آوری و برای صفات مورد نظر بررسی شدند. نتایج نشان داد که ترکیبات زرده خزک سبب کاهش بیان سیتوکین التهابی TNF-α در بافت‌های کبد و روده نتاج شد )05/0>(P. در مقایسه با گروه شاهد، تزریق زرده خزک سبب افزایش میزان تیتر آنتی‌بادی طبیعی IGA و تیتر آنتی‌بادی‌های اولیه و ثانویه بر ضد گلبول قرمز گوسفندی (SRBC) و کاهش غلظت سرمی پروتئینCRP و آنزیم کبدی ALT در نتاج شد )05/0>(P. بر اساس نتایج این پژوهش تزریق زردة تخم‌مرغ‌های بومی خزک به زرده تخم‌مرغ‌های سویة تجاری راس 308 می‌تواند به طور مؤثری سبب کاهش میزان بیان سیتوکین‌ التهابی TNF-α در بافتهای کبد و روده نتاج ‌شود.

اثر تزریق زرده تخم مرغ بومی خزک به زرده تخم مرغ سویه راس بر عملکرد، ایمنی و بیان ژن TLR4

فرزاد باقرزاده کاسمانی,فرزانه بازماندگان شمیلی,مهدی وفای واله,غلامرضا داشاب
ايران ، تولیدات دامی ، سال : 2017 ، صفحات : 507-519، شاپا: 2009-6776 مقاله در مجله

چکیده

به منظور ارزیابی اثرات مادری بر تکوین سیستم ایمنی نتاج، اثر تزریق زرده تخم­مرغ­های بومی خزک به زرده تخم­مرغ­های سویه تجاری راس بر عملکرد، ایمنی و بیان ژن TLR4 در مرغ­های سویه تجاری راس تعیین شد. بدین منظور تعداد 150 عدد تخم­مرغ سویه راس به طور تصادفی به دو گروه آزمایشی 75 تایی که شامل گروه I (گروه شاهد - تزریق زرده سویه راس) و گروه II (تزریق زرده نژاد خزک) تقسیم و برای مدت سه هفته در در دستگاه جوجه کشی خوابانده و پس از هچ با جیره متوازن به مدت شش هفته پرورش داده شدند. سه پرنده به طور تصادفی در روزهای 27 و 42 انتخاب و کشتار شدند و وزن اندام‌های مؤثر در ایمنی (کبد، بورس و تیموس) اندازه‌گیری شدند. تیتر آنتی‌بادی علیه ویروس نیوکاسل و بیان نسبی ژن TLR4 در کبد نمونه‌های آزمایشی بررسی شد. تزریق زرده خزک به تخم­مرغ­های سویه راس سبب بهبود عملکرد رشد، پاسخ ایمنی و نیز سبب کاهش بیان ژن TLR4 در کبد جوجه‌ها در مقایسه با گروه شاهد شد (05/0P<). بر اساس نتایج این پژوهش ممکن است تزریق زرده تخم­مرغ های بومی خزک به تخم مرغ های سویه تجاری راس در روز اول جنینی، سبب بهبود کارائی سیستم ایمنی مرغان سویه راس در سنین بالاتر بشود.

مقایسه روش های مختلف لایه بندی جمعیتی گاوهای سرابی و نجدی با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم

مهدی وفای واله,احد خصالی اقطاعی,غلامرضا داشاب,حسین مرادی شهربابک
ايران ، بیوتکنولوژی کشاورزی ، سال : 2019 ، صفحات : 27-54، شاپا: 2228-6705 مقاله در مجله

چکیده

چکیده هدف: تاکنون از روش­های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود درکل ژنوم (چند شکلی­های تک­نوکلئوتیدی (SNP)) استفاده شده است که هر کدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در پژوهش حاضر از خوشه­بندی شبکه­ای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر داده­کاوی است، برای بررسی ساختار جمعیت گاوهای سرابی و نجدی استفاده شد. مواد و روش­ها: جمعیت مورد مطالعه 424 رأس گاو شامل 213 رأس گاو نجدی و 211 رأس گاو سرابی بود که باChip 40 K v 2 Illumina Bead برای نشانگرهای تک­نوکلئوتیدی تعیین توالی شدند. برای تجزیه ساختار جمعیت از بسته­ی نرم­افزاری (SPIN) SORTING POINTS INTO NEIGHBORHOOD استفاده شد. بعد از ویرایش داده­ها، 27859 نشانگر اتوزومی تجزیه و تحلیل شدند. نتایج: خوشه­بندی بر اساس شباهت­ها و تفاوت­های نوکلئوتیدها، منجر به طبقه­بندی دو جمعیت پایه و نه زیر جمعیت شد. نتیجه­گیری: در مقایسه با سایر روش­های موجود برای لایه­بندی جمعیت، در حال حاضر روش SPIN با توجه به عدم نیاز به فرض­های پیشین، کارایی مناسبی جهت تجزیه و تحلیل ساختار جوامع دارد.

ارزیابی نقش عوامل مادری در کنترل نرخ متابولیزم و بیان ژنهای AMPK, NPY در مرغان گوشتی راس 308

مهدی وفای واله,ناهید کریمی زندی,مهدیه نجم الدینی
ايران ، تولیدات دامی ، سال : 2019 ، صفحات : 0-0، شاپا: 2009-6776 مقاله در مجله

چکیده

در این پژوهش، اثر تزریق زرده تخم‌مرغ نژاد بومی خزک به تخم‌مرغ سویه تجاری راس 308 در زمان قبل از انکوباسیون بر برخی پارامترهای مرتبط با نرخ متابولیزم در نتاج بررسی‌ شد. پارامترهای مورد بررسی شامل میزان مصرف خوراک، ضریب‌تبدیل، برخی شاخص‌های بیوشیمیائی سرم، غلظت مالون‌دی‌آلدئید و نیز بیان نسبی ژن‌های AMP-activated protein kinase (AMPK و (Neuropeptide Y (NPYدر بافت مغز نتاج بود. بدین منظور تعداد 320 تخم‌مرغ بارور سویه راس 308 به طور مساوی در قالب طرح کاملا تصادفی به دو گروه آزمایشی شامل گروه آزمون (تزریق زرده تخم‌مرغ نژاد بومی خزک به زرده تخم مرغ راس) و گروه کنترل اختصاص داده شدند. نمونه‌های خون و بافت پرندگان در پایان دوره آزمایش جمع‌آوری و برای پارامترهای مذکور بررسی شدند. در مقایسه با گروه کنترل، تزریق زرده تخم‌مرغ نژاد بومی خزک سبب بهبود ضریب تبدیل غذایی، کاهش غلظت سرمی تری‌گلیسیرید، کاهش نسبت تری‌گلیسیرید به لیپوپروتئین با چگالی بالا، کاهش وزن نسبی چربی احشائی و نیز کاهش میزان بیان AMPK در بافت مغز نتاج شد (p<0.05). در مقابل تزریق زرده تخم‌مرغ نژاد بومی خزک تاثیری روی وزن بدن در سن 45 روزگی، میزان خوراک مصرفی، وزن نسبی مغز، غلظت سرمی‌گلوکز، کلسترول، لیپو پروتئین با چگالی پائین، غلظت مالون‌دی‌آلدئید و بیان NPY در بافت مغز نتاج نداشت. بر اساس نتایج این پژوهش، تزریق زردة تخم‌مرغ‌های نژاد بومی خزک به زرده تخم‌مرغ‌های سویة تجاری راس 308 به طور مؤثری سبب بهبود ضریب تبدیل غذایی و کاهش میزان بیان AMPK در بافت مغز میانجی نتاج شد.

Estimation of additive and non-additive genetic variance component for growth traits in Adani goats

Hadi Faraji-Arough,,Mohammad Rokouei,Mehdi Vafaye Valleh,مختار علی عباسی
Netherlands , Tropical Animal Health and Production , Year : 2019 , Pages: 1-10, ISSN:0049-4747 Journal Paper

Abstract

Non-additive genetic effects are important to increase the accuracy of estimating genetic parameters for growth traits. The aim of this study was to estimate genetic parameters and variance components, specially dominance and epistasis genetic effects, for growth traits (birth weight (BW), weaning weight (WW), 3 (W3), 6 (W6), 9 (W9), and 12 (W12) month weight) in Adani goats. Analyses were carried out using Bayesian method via Gibbs sampler animal model by fitting of 18 different models. All fixed effects (sex, type of birth, age of dam, and year) showed significant effects on BW, WW, W3, and W6, whereas the type of birth and age of dam were not significant on W9 and W12. With the best model, direct heritability estimates were 0.347, 0.178, 0.158, 0.359, 0.278, and 0.281 for BW, WW, W3, W6, W9, and W12 traits, respectively. Maternal permanent environmental effect was significant for BW and WW, but maternal genetic effect was significant only for W3. Dominance and epitasis effects were significant almost for all traits and as a proportion of phenotypic variance were ranged from 0.115 to 0.258 and 0.107 to 0.218, respectively. The range of accuracy of breeding values estimated for growth traits with appropriate evaluation models was from 0.521 to 0.652, 0.616 to 0.694, and 0.548 to 0.684 for the all animals, 10% of the best males and 50% of the best females, respectively. When dominance and epistasis effects added to models, the error variance was reduced and the accuracy of estimated breeding values increased. The accuracy of the best model showed a significant difference with the accuracy of other models (p < 0.01). The result of the present study suggests that non-additive genetic effects should be in genetic evaluation models for goat growth traits because of its effect on accuracy of estimated breeding values

بررسی تنوع ژنتیکی در ژن‌های خانواده DNMT در گاو‌های نژاد هلشتاین با تکنیک PCR-SSCP

مهدی وفای واله,سجاد شهدادی ساردو
ايران ، پژوهش های تولیدات دامی ، سال : 2020 ، صفحات : 104-112، شاپا: 8622-2251 مقاله در مجله

چکیده

ژن‌های خانواده DNA متیل­ترانسفراز (DNMTs) بواسطه نقش کلیدی در شکل‌گیری و ابقاء الگوهای اپی‌ژنتیکی، اهمیت بالایی در کنترل تکوین و رشد و نمو جنینی از مرحله لقاح تا دوران پس از تولد دارند. مطالعه حاضر به­منظور شناسایی جهش‌های بالقوه در اگزون 33 ژن DNMT-1، اینترون 4 ژن DNMT-3a و اینترون 3 ژن DNMT-3b و ارتباط آن‌ها با وزن تولد در گاو‌های نژاد هلشتاین صورت گرفت. خون گیری به­طور تصادفی از تعداد 60 رأس گاو هلشتاین دارای رکورد وزن تولد تا بلوغ از یک گاوداری صنعتی در استان کرمان انجام شد. استخراج نمونه‌های DNA با استفاده از روش فنل­کلروفرم انجام گرفت و جایگاه‌های هدف با استفاده از پرایمر‌های اختصاصی توسط واکنش‌های زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) تکثیر شدند. به­منظور ردیابی چند‌شکلی در توالی‌های هدف از تکنیک چند‌شکلی ساختار فضایی رشته‌های منفرد (SSCP) و رنگ­آمیزی با نیترات­نقره استفاده شد. نتایج این مطالعه حاکی از عدم وقوع جهش در تمامی جایگاه‌های مورد مطالعه بود، بطوری که در تمام نمونه‌های مورد بررسی، بر اساس اندازه قطعه مورد بررسی، الگوی باندی یکسانی شناسائی شد. عدم شناسائی وجود چند‌شکلی در نواحی مورد بررسی، احتمالاً ممکن است به­دلایلی نظیر ناکارآمدی نسبی تکنیک PCR-SSCP در شناسائی جهش‌ها، کوچک­بودن اندازه نمونه‌های مورد بررسی، پیامدهای تصادفی ناشی از رانش ژنی و یا تاثیر انتخاب مصنوعی و یا طبیعی بر علیه وقوع جهش در نواحی مزبور باشد. بنابراین، نواحی ژنی مورد بررسی در این تحقیق به­عنوان نشانگر مولکولی برای ارزیابی صفت وزن تولد در گاو‌های هلشتاین فاقد کارائی هستند.

مقایسه روند تکاملی و فیلوژنتیکی توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری در بز و سایر گونه های دامی

غلامرضا داشاب,مریم شریعت,مهدی وفای واله
ايران ، پژوهش های تولیدات دامی ، سال : 2019 ، صفحات : 133-143، شاپا: ۲۲۵۱-۸۶۲۲ مقاله در مجله

چکیده

حفظ تنوع ژنتیکی در جمعیت­ های بومی بز در نقاط مختلف ایران برای انجام برنامه ­های اصلاح نژادی، افزایش تولید، بقاء، مقاومت به بیماری­ ها و تغییرات شرایط محیطی مختلف ضروری است. هدف از مطالعه حاضر تعیین توالی ناحیه HVR1 از ژنوم میتوکندری از بز­­های بومی ایران شامل اکوتیپ­ های سیستانی، پاکستانی، لری سیاه و عدنی (هر کدام 4 رأس)، بررسی میزان تنوع محتمل در این جمعیت­­ ها و ترسیم رابطه فیلوژنی آن­ها در مقایسه با برخی گونه­ های حیوانی بود. استخراج DNA کل به روش فنل-کلروفرم انجام شد و به عنوان الگو جهت تکثیر ناحیهHVR1 ژنوم میتوکندری مورد استفاده قرار گرفت و باندهای بدست آمده به روش سانگر تعیین توالی شدند. توالی­ های نوکلئوتیدی مذکور به همراه 30 توالی از ناحیه مشابه ژنوم میتوکندری مربوط به برخی گونه­ های حیوانی بدست آمده از بانک جهانی ژن (NCBI) جهت تجزیه ژنتیکی و ترسیم درخت فیلوژنتیکی مورد استفاده قرار گرفت. میانگین تنوع هاپلوتایپی و تنوع نوکلئوتیدی در بین گونه­ ها به ترتیب 994/0 و 12891/0 و در اکوتیپ­های مورد بررسی 1و 02929/0 محاسبه شد. میزان عددی نسبت جایگزینی dn/ds برای اکوتیپ های مورد بررسی و سایر گونه­ ها به ترتیب 17/1 و 12/1 محاسبه شد که نشان دهنده انتخاب مثبت در فرایند تکامل این ژن است. نتایج حاصل از درخت فیلوژنی توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR1 شامل دو شاخه اصلی و تعداد ۷ زیر شاخه فرعی بودند. در بین گونه­ های مورد بررسی اکوتیپ­های بز با گونه گوسفند شباهت بیشتری داشتند. تجزیه ژنتیکی و فیلوژنی گونه­ های مورد بررسی بیانگر تمایز و مسیر تکاملی متفاوت هر گونه است و ناحیه HVR1 می تواند موجب گروه ­بندی صحیح گونه­ ها و زیر گونه­ های انشقاق یافته از آنها شود.

تجزیه فیلوژنتیک و هاپلوگروهی بزهای بومی ایران بر اساس توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری

غلامرضا داشاب,مریم شریعت,مهدی وفای واله
ايران ، علوم دامی ایران ، سال : 2019 ، صفحات : 35-46، شاپا: 2008-4773 مقاله در مجله

چکیده

زهای بومی ایران به­عنوان یکی از ذخایر ژنتیکی ارزشمند محسوب می­شوند و حفظ تنوع ژنتیکی آنها حائز اهمیت است. ژنوم میتوکندری در یک اکوتیپ و مقایسه آن با سایر اکوتیپ­ها می­تواند شاخص مناسبی از میزان تنوع موجود در آن جمعیت را ارائه دهد. هدف از پژوهش اخیر بررسی ساختار ژنتیکی و ترسیم روابط فیلوژنتیکی ناحیه HVR1 میتوکندری چهار توده جمعیتی بز­های بومی ایران شامل سیستانی، پاکستانی، عدنی و سیاه لری (هر کدام ۴ رأس) و مقایسه آنها با توالی نوکلئوتیدی جایگاه مذکور در دیگر اکوتیپ­های بز­ می­باشد. استخراج DNA کل به روش فنل- کلروفرم انجام شد و واکنش تکثیر با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی انجام گرفت. محصولات تکثیرشده پس از خالص‌سازی به روش سانگر تعیین توالی شدند. توالی­های مذکور به همراه توالی مشابه از ژنوم میتوکندری مربوط به سایر اکوتیپ­های بز بدست آمده از مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) جهت تجزیه ژنتیکی و ترسیم درخت فیلوژنتیکی مورد استفاده قرار گرفت. با بررسی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری در توده­های مختلف بز در مطالعه حاضر ۱23 جایگاه چندشکلی و 16 هاپلوتیپ شناسایی شد. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که 15 درصد از تنوع بین جمعیت­ها و 85 درصد در درون جمعیت­ها است. کلیه توده­های بز ایران استفاده شده در مطالعه حاضر در گروه هاپلوتیپی A که معمولاً در همه قاره­ها یافت می­شود گروه­بندی شدند. مقادیر آماره­های D و Fs تست تاجیما (به­ترتیب ۱۴/۲- و ۵۵/۹-) در مطالعه اخیر منفی بود که ممکن است به دلیل کوچک بودن اندازه نمونه­ مورد استفاده در این مطالعه باشد. نتایج این مطالعه نشان داد توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR1 میتوکندری ابزار مناسبی برای مطالعات ژنتیکی و گروه­بندی توده­های جمعیتی بز در ایران و دنیا است.

مقایسه روشهای مختلف لایه بندی جمعیتی گاوهای سرابی و نجدی با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم

غلامرضا داشاب,احد خصالی اقطاعی,مهدی وفای واله,حسین مرادی شهربابک
ايران ، بیوتکنولوژی کشاورزی ، سال : 2019 ، صفحات : 25-54، شاپا: 2228-6705 مقاله در مجله

چکیده

هدف: تاکنون از روشهای مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود درکل ژنوم (چند شکلیهای تکنوکلئوتیدی (SNP ((استفاده شده است که هر کدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در پژوهش حاضر از خوشهبندی شبکهای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر دادهکاوی است، برای بررسی ساختار جمعیت گاوهای سرابی و نجدی استفاده شد. مواد و روشها: جمعیت مورد مطالعه 424 رأس گاو شامل 213 رأس گاو نجدی و 211 رأس گاو سرابی بود که با K 40 Chip 2 v Bead Illumina برای نشانگرهای تکنوکلئوتیدی تعیین توالی شدند. برای تجزیه ساختار جمعیت از بستهی نرمافزاری (SPIN (NEIGHBORHOOD INTO POINTS SORTING استفاده شد. بعد از ویرایش دادهها، 27859 نشانگر اتوزومی تجزیه و تحلیل شدند. نتایج: خوشهبندی بر اساس شباهتها و تفاوتهای نوکلئوتیدها، منجر به طبقهبندی دو جمعیت پایه و نه زیر جمعیت شد. نتیجهگیری: در مقایسه با سایر روشهای موجود برای لایهبندی جمعیت، در حال حاضر روش SPIN با توجه به عدم نیاز به فرضهای پیشین، کارایی مناسبی جهت تجزیه و تحلیل ساختار جوامع دارد.

Estimation of genotype imputation accuracy using reference populations with varying degrees of relationship and marker density

ٖGholam reza dashab,,Mohammad Rokouei,محمد مهدی شریعتی,Mehdi Vafaye Valleh
IRAN , Journal of Livestock Science and Technologies , Year : 2019 , Pages: 45-53, ISSN:2322-3553 Journal Paper

Abstract

Genotype imputation from low-density to high-density (SNP) chips is an important step before applying genomic selection, because denser chips can provide more reliable genomic predictions. In the current research, the accuracy of genotype imputation from low and moderate-density panels (5K and 50K) to high-density panels in the purebred and crossbred populations was assessed. The simulated populations included two purebred populations (lines A and B) and two crossbred populations (cross and backcross). Three scenarios were assessed for selecting the subset of the references that used to impute un-genotyped loci of animals in the validation set, where: 1) high relationship with validation set, 2) randomly, and 3) high inbreeding selecting. Imputing the individuals of validation set 5K and 50K to marker density 777K using the various combinations of reference set was performed by FImpute software. The imputation accuracies were calculated using two methods including Pearson correlation coefficient (PCC) and concordance rate (CR). The results showed that imputation accuracy in the purebred populations lines A and B was higher than the cross and backcross populations. When the reference set has been selected based on high relationships, the genotype accuracy in lines A and B was the highest, and there was less difference between imputation from 5K and 50K density to 777K compared to the other subset selection methods. In the crossbred population with imputation from 50K to 777K, the imputation accuracy was the highest in the state of the randomly selected of the reference population (0.98 and 0.97 for PCC and CR, respectively). In the backcross population, the imputation accuracy was the lowest when the reference set selected according to the high inbreeding, which it could be resulting from the lower homozygosis in these populations.

بررسی چندشکلی ژن‌های DNMTs در گاو سیستانی با استفاده از روش PCR-SSCP

سجاد شهدادی ساردو,مهدی وفای واله,غلامرضا داشاب,محمد رکوعی
ايران ، نشریه علوم دامی (پژوهش و سازندگی) ، سال : 2020 ، صفحات : 73-82، شاپا: 2588-6436 مقاله در مجله

چکیده

نشان داده شده است که بروز هر گونه تغییر در عملکرد ژنهای DNMTs اثرات شگرفی بر فرآیند تکوین جنین و نیز وزن تولد در پستانداران دارد، لذا هدف از انجام این تحقیق بررسی چندشکلی ژن‌های خانواده DNA متیل ترانسفراز و ارتباط آن‌ها با وزن تولد در گاو سیستانی بود. خون‌گیری به‌ طور تصادفی از 60 رأس گاو سیستانی به عمل آمد. استخراج DNA با استفاده از روش فنول‌کلروفرم انجام شد. نواحی کاندیدا برای وجود جهش شامل قطعه‌های 114 جفت بازی واقع در اگزون 33 ژن DNMT1، قطعه 176 جفت بازی واقع در اینترون 4 ژن DNMT3a و قطعه 207 جفت بازی واقع در اینترون 3 ژن DNMT3b توسط واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز تکثیر شدند. به ‌منظور بررسی وجود چند‌شکلی در ژن‌های هدف از روش PCR-SSCP به‌وسیله‌ی ژل پلی آکریل آمید و رنگ‌آمیزی نیترات نقره استفاده گردید. ارزیابی نتایج دلالت بر عدم وجود تنوع الگوهای باندی در تمام نمونه‌های مورد بررسی داشت. بر اساس نتایج این مطالعه به نظر می‌رسد که عدم مشاهده تنوع ژنتیکی در نواحی مورد بررسی احتمالاً دلالت بر انتخاب بر علیه وقوع جهش های خاص در جمعیت مورد نظر دارد. در مجموع براساس نتایج این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی در نواحی مورد بررسی، جهت شناسائی مارکرهای موثر در برنامه‌های اصلاحی صفات تولیدی در گاو سیستانی فاقد کارائی می باشد

بهینه سازی جمعیت مرجع در پویش ژنومی و ارزیابی ژنومیک

غلامرضا داشاب,مرتضی مهدوی,مهدی وفای واله,محمد رکوعی,مهدی سرگلزایی
ايران ، نشریه علوم دامی (پژوهش و سازندگی) ، سال : 2020 ، صفحات : 191-204، شاپا: 2588-6436 مقاله در مجله

چکیده

بهینه‌سازی جمعیت مرجع در ارزیابی‌های ژنومیک به دلیل تأثیر آن بر صحت برآورد اثرات نشانگرها و ارزش-های ارثی ژنومیک نقش کلیدی در اصلاح حیوانات اهلی دارد. در مطالعه حاضر هفت روش متفاوت انتخاب جمعیت مرجع شامل انتخاب همه، انتخاب بیشترین و کمترین عملکردها، انتخاب تصادفی، انتخاب افراد با بیشترین و کمترین شباهت نشانگر و ژنگاه مورد ارزیابی قرار گرفت. در مطالعات پویش ژنومی روش انتخاب همه به عنوان جمعبت مرجع، نشانگرهای با فراوانی متوسط و بالا با اثر بزرگ بر روی صفت را تعیین نمود، اما استفاده از روش بیشترین و کمترین عملکردها، نشانگرهای با فراوانی نادر با اثر بزرگ بر روی صفت را گزارش نمود. استفاده هم‌زمان از تراکم بالای نشانگری و مرجع انتخابی در مقایسه با تراکم پایین و مرجع کامل، موجب کاهش صحت ارزیابی‌ها گردید، ولی رتبه‌بندی حیوانات را تغییر نداد. بین روش‌های انتخاب جمعیت مرجع با نسل (P≤0.0134) و همچنین با عدم تعادل لینکاژ (P≤ 2e-16) اثر متقابل وجود داشت. به طور کلی انتخاب همه حیوانات به عنوان جمعیت مرجع منتج به صحت‌های بالاتری در مقایسه با شش روش مرجع انتخابی گردید. بین روش‌های انتخاب، در جمعیت‌های با اندازه مؤثر کم (۲۵۵/۰r2 = ، 100=Ne) اختلافی وجود نداشت ، اما در جمعیت‌های با اندازه مؤثر زیاد (۰۸۶/۰r2= ،400=Ne) روش‌های انتخاب جمعیت مرجع با صحت‌های متفاوتی ارزش‌های اصلاحی ژنومی را پیش‌‌بینی کردند. بیشترین و کمترین صحت پیش‌بینی ارزش اصلاحی ژنومی به ترتیب متعلق به روش‌های انتخاب دام‌ها بر اساس حداکثر شباهت ژنگاه و نشانگری بود(0231/0≥P )

برآورد هم خونی ژنومی و ارزیابی هموزیگوسیتی ایجاد شده در گاوهای سرابی و نجدی

غلامرضا داشاب,احد خصالی اقطاعی,مهدی وفای واله,حسین مرادی شهربابک
ايران ، نشریه علوم دامی (پژوهش و سازندگی) ، سال : 2020 ، صفحات : 13-30، شاپا: 2588-6436 مقاله در مجله

چکیده

مطالعه حاضر به منظور برآورد سطح هم‌خونی ژنومی با استفاده از تجزیه (FROH) ROH در دو توده گاو بومی ایران شامل سرابی و نجدی و همچنین مقایسه برآوردهای FROH با دیگر برآوردهای ضریب هم‌خونی بر اساس ماتریس رابطه ژنوم (FGRM)، درصد SNPs هموزیگوت (FHOM) و اطلاعات شجره‌نامه (FPed) انجام شد. برای انجام این کار، به ترتیب تعداد 213 و 211 نمونه به طور تصادفی از جمعیت سرابی و نجدی انتخاب شدند. نمونه‌ها با استفاده از ریز‌ تراشه Illumina BeadChip 40K v2 تعیین ژنوتیپ شدند. علاوه بر این، تعداد 30 نمونه از گاوهای شیری هلشتاین ایران از مرکز اصلاح نژاد ایران، مورد بررسی قرارگرفتند. آنالیز ژنومی با استفاده از برنامه‌های CFC ، Excel، Plink، SNeP انجام شد. در مجموع 2030 بلوک هاپلوتیپی در جمعیت شناسایی شدند. بیشترین و کمترین تعداد قطعات (ROHs) ROH در بین جمعیت نجدی و سرابی مشاهده شد. علاوه بر این، طول ROH در بین نژادهای مختلف متفاوت بود (۰۵/۰p <). جمعیت نجدی بیشترین تعداد ROH را در دسته‌های با طول متفاوت Mb ) ROH8-4، Mb16-8 وMb 16<) داشتند. حداکثر ضریب همبستگی بین ضرایب هم‌خونی برآورد شده بین FPed و FROH> 4Mb (592/0) در جمعیت سرابی بدست آمد (۰۰۱/۰p <). نتایج این مطالعه وجود هم‌خونی، حداقل در پنج نسل اخیر جمعیت بومی مورد مطالعه را نشان می‌دهد و برنامه‌های حفاظتی باید به منظور مدیریت سطوح هم‌خونی در هر دو جمعیت صورت گیرد.

برآورد پارامتر‌های ژنتیکی صفات افزایش وزن بدن و بازده مصرف خوراک در بلدرچین ژاپنی

مژده محمودی زرندی,محمد رکوعی,مهدی وفای واله,علی مقصودی
ايران ، تولیدات دامی ، سال : 2020 ، صفحات : 9-22، شاپا: 2009-6776 مقاله در مجله

چکیده

این مطالعه به‌منظور برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات رشد و بازده مصرف خوراک در بلدرچین ژاپنی و با استفاده از تعداد 7762 داده صفت بازده مصرف خوراک و 12113 داده مربوط به صفت افزایش وزن بدن، جمع‌آوری شده در پژوهشکده دام‌های خاص دانشگاه زابل انجام شد. صفات مورد نظر شامل افزایش وزن بدن در بازه‌های 25-20، 30-25، 35-30، 40-35، 45-40 و هچ تا 45 روزگی، خوراک مصرفی، ضریب تبدیل خوراک و باقیمانده مصرف خوراک از 20 تا 45 روزگی بودند. پارامترهای ژنتیکی صفات با استفاده از تجزیه و تحلیل تک و دو صفتی از طریق نمونه‌گیری گیبس برآورد شد. دامنه وراثت‌پذیری‌های برآورد شده برای افزایش وزن بدن 0/23-0/02 و خوراک مصرفی، ضریب تبدیل خوراک و باقیمانده مصرف خوراک 0/04 تا 0/11 بدست آمد. همبستگی ژنتیکی مربوطه بین افزایش وزن بدن و ضریب تبدیل خوراک 25-20 روزگی، افزایش وزن بدن و ضریب تبدیل خوراک 30-25 روزگی، افزایش وزن بدن و ضریب تبدیل خوراک 35-30 روزگی، افزایش وزن بدن و ضریب تبدیل خوراک 40-35 روزگی، افزایش وزن بدن و ضریب تبدیل خوراک 45-40 روزگی، به ترتیب برابر با 0/56-، 0/49-، 0/57-، 0/70- و 0/25 بود. با توجه به همبستگی‌های ژنتیکی برآورد شده از این مطالعه، انتخاب برای افزایش وزن بدن و کاهش بازده مصرف خوراک برای بهبود صفات بازده مصرف خوراک در بلدرچین ژاپنی توصیه می‌شود. این انتظار وجود دارد که انتخاب برای این صفات هزینه‌های برنامه‌های اصلاحی، بیشتر مرتبط با بحث خوراک و انتخاب از روی فنوتیپ حیوانات را کاهش دهد.

تجزیه و تحلیل بیزین پارامترهای ژنتیکی برای صفات ایمنی همورال و باقی مانده مصرف خوراک در بلدرچین ژاپنی

مژده محمودی زرندی,محمد رکوعی,مهدی وفای واله,علی مقصودی,نیکولاس هادسون
ثبت نشده ، فصلنامه علمی پژوهشی محیط زیست جانوری ، سال : 2020 ، صفحات : 97-104، شاپا: 2008-4218 مقاله در مجله

چکیده

هدف از این مطالعه برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات ایمنی هومورال (تیتر آنتی‌ بادی علیه سلول ‌های قرمز خونی گوسفندی (SRBC) و ویروس بیماری نیوکاسل (NDV)) و باقی ­مانده مصرف خوراک از 20 تا 45 روزگی در بلدرچین ژاپنی بود. بدین منظور از تعداد 2492 رکورد صفت باقی ­مانده مصرف خوراک و 5238 رکورد مربوط به صفات ایمنی استفاده شد. پارامترهای ژنتیکی صفات با استفاده از تجزیه و تحلیل تک و دو صفتی از طریق نمونه ‌گیری گیبس برآورد شد. وراثت­ پذیری های برآورد شده برای تیتر آنتی ‌بادی کل (AbT)، تیتر (IgY) ایمونوگلوبولین Y، تیتر (IgM) ایمونوگولوبولین M و تیتر (IgF) ایمونوگولوبولین F برعلیه SRBC به ­ترتیب برابر 0/08، 0/14، 0/02 و 0/24 اما وراثت­ پذیری تیتر آنتی ‌بادی برعلیه (NDV (AbNDV پایین ­تر از برآوردهای آنتی ­ژن (0/05=SRBC (h2 بود. وراثت­ پذیری باقی ­مانده مصرف خوراک در سنین مختلف در دامنه 0/04 تا 0/07 به ­دست آمد. همبستگی ژنتیکی بین تیتر آنتی‌ بادی کل و IgY مثبت و بالا (0/92) بود. همبستگی ژنتیکی بین RFI با IgM منفی و با سایر ایمونوگولوبولین ‌ها (IgY, AbT, IgF) و NDV مثبت بود. از این مطالعه نتیجه­ گیری می­ شود که انتخاب برای IgF با وراثت ­پذیری 0/24 به ­دلیل داشتن همبستگی ژنتیکی منفی (0/23-) با باقی­ مانده مصرف خوراک موجب بهبود این صفت و کاهش هزینه‌ ها، عمدتاً مرتبط با بحث خوراک و انتخاب از روی فنوتیپ حیوانات، می ‌شود. از طرفی به ­دلیل همبستگی مثبت، متوسط و بالای آن با سایر ایمونوگلوبولین‌ ها (0/80-0/34) انتخاب آن منجر به کاهش پاسخ­ های ایمنی هومورال در بلدرچین نمی ‌شود.

  •    Direct Phone: _
  •    Internal Phone: _
  •    Fax: _
  •    Email: mehdi.valleh@uoz.ac.ir