سوابق علمی - اجرائی

سوابق تحصیلی

  • ثبت نشده ليسانس

    مهندسی تولیدات گیاهی

    دانشگاه محقق اردبيلي

  • ثبت نشده فوق ليسانس

    مهندسی کشاورزی

    دانشگاه زابل

  • 1396دکتری تخصصی

    بیوتکنولوژی کشاورزی

    دانشگاه زابل

مراتب علمی

  • مربي1392

    گروه پژوهشی زراعت و اصلاح نباتات

  • استاديار1396

    گروه پژوهشی زراعت و اصلاح نباتات

علاقه مندیها

رویدادها

مرتب سازی:

نمایش:

In vitro antibacterial activity of seven extract plant against Morganella morgani

yasuob shiri,,سعيده سعيدي
English , International Research Journal of Applied and Basic Sciences , Year : 2013 , Pages: 1311-1313, ISSN:2251-838X Journal Paper

Abstract

In vitro antibacterial activity of Myrtus communis against Morganella morgani

yasuob shiri,,سعيده سعيدي
English , International Research Journal of Applied and Basic Sciences , Year : 2013 , Pages: 1297-1299, ISSN:2251-838X Journal Paper

Abstract

Antibacterial activity of Zataria multiflora Boiss extract Against E.coli Causing Urinary Tract Infection

yasuob shiri,,سعيده سعيدي
English , International Research Journal of Applied and Basic Sciences , Year : 2013 , Pages: 1300-1303, ISSN:2251-838X Journal Paper

Abstract

Activity of Some Iranian Plant Extracts against Multi-Drug Resistant Human Pathogens Isolated from Urinary Tract Infections

yasuob shiri,سعيده سعيدي,
ثبت نشده , ثبت نشده , Year : 2014 , Pages: 50-54, ISSN: Journal Paper

Abstract

Antimicrobial activity of trachyspermum ammi essential oil against human bacterial

yasuob shiri
IRAN , International Journal of Advanced Biological and Biomedical Research , Year : 2014 , Pages: 18-24, ISSN:2322-4827 Journal Paper

Abstract

THE ROLE OF BIOTECHNOLOGY IN SUSTAINABLE AGRICULTURE

yasuob shiri,,
ثبت نشده , ثبت نشده , Year : 2014 , Pages: 17-21, ISSN: Journal Paper

Abstract

Antibacterial activities of Cuminum cyminum Linn Essential Oil Against Multi-Drug resistant Escherichia coli

yasuob shiri
ثبت نشده , ثبت نشده , Year : 2014 , Pages: 18739-18739, ISSN: Journal Paper

Abstract

PLANT BIOTECHNOLOGY AND ETHICAL ISSUES

yasuob shiri,Barat Ali Fakheri,mohamad forouzandeh
ثبت نشده , ثبت نشده , Year : 2014 , Pages: 2957-2961, ISSN: Journal Paper

Abstract

EFFECT OF SEEDS INOCULATION BY PLANT GROWTH PROMOTING BACTERIA ON SEEDLING GROWTH OF FIVE WHEAT CULTIVARS UNDER GREENHOUSE EXPERIMENT

mohamad forouzandeh,,yasuob shiri
India , Indian Journal of Fundamental and Applied Life Sciences , Year : 2014 , Pages: 2929-2935, ISSN:2231-6345 Journal Paper

Abstract

ABSTRACT In order to study effect of seed inoculation with plant growth promoting bacteria on seedling growth of five wheat cultivars a greenhouse experiment was conducted in the agricultural research institute, university of zabol, IR Iran in year 2014. A completely randomized design based on factorial arrangement with three replications was used. The first factor consisted of five cultivars of wheat (Hamoon, Croos bolani, Hirmand, Bam, Kalak afghan) and the second one was bio-fertilizer types (Phosphate solubilizing bacteria, Bio-phosphor, Nitroxin, Nitro-kara, Mixed and distilled water as control). In this experiment traits measured including, root length, shoot length, shoot fresh weight, root fresh weight, number of leaf, root dry weight, shoot dry weight and root to shoot ratio. The croos bolani cultivar recorded higher shoot length (174.38 mm) followed by kalak afghan cultivar (139.58 mm) and the least was in hamoon cultivar (96.41 mm). In interaction between cultivar and bio-fertilizer were obtained the highest shoot fresh weight was related to kalak afghan and phosphate solubilizing bacteria (C5B1) treatment with mean (0.21 gr). The highest (0.027) and lowest (0.022) levels of shoot dry weight were obtained in bio-phosphor (B2) and control (B6) treatment, respectively. In interaction between cultivar and bio-fertilizer were obtained the highest root to shoot ratio was related to hirmand cultivar and nitroxin (C3B3) treatment with mean (1.4)

بررسی شبکه ژنی مقاومت به آنتی‌بیوتیک تتراسایکلین تحت کنترل ژن‌های tetA و tetB با استفاده از اطلاعات موجود در پایگاه‌های داده

بهمن فاضلی نسب,یعثوب شیری
ايران ، تازه ها در میکروب شناسی دامپزشکی ، سال : 2019 ، صفحات : 88-96، شاپا: 2645-4491 مقاله در مجله

چکیده

فرایند مقاومت به آنتی‌بیوتیک به دو دسته مقاومت ذاتی و مقاومت اکتسابی تقسیم می‌شوند. در مقاومت ذاتی باکتری به دلیل ویژگی‌های خاص خود به یک یا تمام آنتی‌بیوتیک‌ها مقاومت نشان می‌دهد. اما مقاومت اکتسابی در اثر تغییرات مولکولی در باکتری‌های حساس به یک آنتی‌بیوتیک ایجاد شده و نهایتاً سبب به‌وجود آمدن باکتری‌های مقاوم به آن آنتی‌بیوتیک می‌شود که دلیل آن می‌تواند جهش‌های کروموزومی، ترانسپوزون‌ها و یا پلاسمیدهای قابل انتقال باشند. ژن‌های متعددی مکانیسم‌های متنوع مقاومت باکتریایی را نسبت به آنتی‌بیوتیک‌ها کنترل می‌کنند. ژن‌های tetA و tetB اصلی‌ترین ژن‌های فعال‌کننده مکانیسم پمپ یونی افلاکس تتراسایکلین بوده و سبب کاهش غلظت تتراسایلکین در داخل باکتری می‌شوند. در این مطالعه شبکه ژن‌های tetA و tetB با استفاده از داده‌ها و اطلاعات موجود در پایگاه‌های داده‌های مولکولی بازسازی شد. شبکه‌ی بازسازی شده به روشنی تأیید می‌کند که ژن‌های tetA و tetB در افلاکس تتراسایکلین به خارج از سلول نقش مستقیم دارند. ژن tetB با همکاری سایر پروتئین‌ها، علاوه بر افلاکس تتراسایکلین، نقش کلیدی در سمیت‌زدایی و آنتی‌پورت طیف گسترده‌ای از سموم مثل استرپتوترسین و اسیدهای فنولیک دارد. همچنین آنالیزهای ژن آنتولوژی نشان داد. اغلب ژن‌های درگیر در فرایند افلاکس تتراسایکلین پروتئین غشایی هستند و عملکرد مولکولی آنها ترانسپورتر می‌باشد.

بازسازی شبکه ژنی مقاومت به پنیسیلین در E.coli با استفاده از اطلاعات موجود در پایگاههای داده

یعثوب شیری,محمد علی کریمیان
ايران ، تازه ها در میکروب شناسی دامپزشکی ، سال : 2020 ، صفحات : 1-9، شاپا: 2645-4491 مقاله در مجله

چکیده

کشف پنی‌سیلین، انقلابی را در صنعت پزشکی ایجاد کرد و جان هزاران نفر را نجات داد. اما با گذشت زمان باکتری‌های مقاوم به این آنتی‌بیوتیک یکی پس از دیگری شناسایی شدند. آنتـی‌بیوتیک‌های خانواده پنی‌سیلین در ساختـار مولکولی خود دارای یک حلقه‌ی بتا–لاکتامهستنـد. پنی‌سیلین و دیگر آنتی‌بیوتیک‌های دارای حلقه بتا-لاکتام با اتصال به آنزیم ترانس‌پپتیداز به صورت رقابتی فعالیت آن را مهار می‌کنند. مهار آنزیم ترانس‌پپتیداز از سنتز دیواره باکتریایی جلوگیری کرده و سبب مرگ باکتری می‌گردد. باکتری‌های مقاوم دارای آنزیم بتا-لاکتاماز هستند که توانایی شکستن پیوند C-N را در حلقه بتا-لاکتام دارند. در این مطالعه بازسازی شبکه ژن‌های شناخته شده بتا-لاکتاماز در باکتری E.coli صورت گرفت. نتایج نشان داد ژن ampC نقش محوری در القای مقاومت در E.coli دارد. بررسی عملکرد مولکولی سایر ژن‌های شبکه بتا-لاکتامازی نشان داد ویژگی بتا-لاکتامازی برای آنها، صرفاً یک قابلیت ثانویه بوده و وظیفه اصلی آنها مشارکت در سایر فرایند‌های غیر مرتبط سلولی می‌باشد. بررسی ژن آنتولوژی نشان داد فرایند مقاومت به آنتی‌بیوتیک‌های بتا-لاکتام همبستگی مثبت با زنجیره انتقال الکترون دارد. همچنین بررسی جایگاه سلولی ژن‌ها نشان داد غشای سلولی فعال‌ترین اندامک سلولی در زمان مواجهه با آنتی‌بیوتیک‌های بتا-لاکتام در باکتری E.coliمی‌باشد و مقاومت به آنتی‌بیوتیک وابسته به عملکرد بتالاکتامازی پروتئین‌های فعال در غشای سلولی است.

STUDY OF GERMINATION AND SEEDLING GROWTH OF BLACK CUMIN (NIGELLA SATIVA L.) TREATED BY HYDRO AND OSMOPRIMING UNDER SALT STRESS CONDITIONS

yasuob shiri,احمد احمدیان,mohamad forouzandeh
Poland , Cercetari Agronomice in Moldova , Year : 2015 , Pages: 69-78, ISSN:0379-5837 Journal Paper

Abstract

The objective of the study was to determine the responsible factors for germination and early seedling growth due to salt toxicity or osmotic effect and to optimize the best priming treatment for these stress conditions. To study the effect of osmopriming and hydropriming on germination and seedling growth of black cumin (Nigella sativa L.) under salt stress conditions this experiment was conducted at Torbat-Heydariyeh University, Torbat, Iran. The treated seeds (control, hydropriming and ZnSO4) of black cumin were evaluated at germination and seedling growth for tolerance to salt (NaCl and Na2SO4) conditions at the same water potentials of 0.0, -0.3, -0.6, -0.9 and -1.2MPa. Electrical conductivity (EC) values of the NaCl solutions were 0.0, 6.5, 12.7, 18.4 and 23.5 dSm-1, respectively. Results showed that hydropriming increased germination and seedling growth under salt stress. Germination delayed in both solutions, having variable germination with different priming treatments. In NaCl treatment, germination percentage, root and shoot weight, shoot and root length were higher but mean germination time and abnormal germination percentage were lower than Na2SO4, at the same water potential. The root / shoot weight and R/S length enhanced with increase of osmotic potential in both NaCl and Na2SO4 solutions. NaCl had less inhibitor effect on seedling growth than the germination. It was concluded that inhibition of germination at the same water potential of NaCl and Na2SO4 resulted from salt toxicity rather than osmotic effect. The findings of this experiment can be useful and applied to achieve best germination and uniform emergence under field conditions for farmers of medicinal plants.

Unraveling the transcriptional complexity of compactness in sistan grape cluster

yasuob shiri,,اسماعیل ابراهیمی,Abbasali Emamjomeh,جواد ظهیری
Netherlands , Plant science , Year : 2018 , Pages: 198-208, ISSN:0168-9452 Journal Paper

Abstract

Abstract Yaghooti grape of Sistan is the earliest ripening grape in Iran, harvested every May annually. It is adapted to dry conditions in Sistan region and its water requirement is less than the other grape cultivars. The transcriptional complexity of this grape was studied in three stages of cluster development. Totally, 24121 genes were expressed in different cluster development steps (step 1: cluster formation, step 2: berry formation, step 3: final size of cluster) of which 3040 genes in the first stage, 2381 genes in the second stage and 2400 genes in the third stage showed a significant increase in expression. GO analysis showed that when the clusters are ripening, the activity of the nucleus, cytoplasmic, cytosol, membrane and chloroplast genes in the cluster architecture cells decreases. In contrast, the activity of the endoplasmic reticulum, vacuole and extracellular region genes enhances. When Yaghooti grape is growing and developing, some of metabolic pathways were activated in the response to biotic and abiotic stresses. Gene co-expression network reconstruction showed that AGAMOUS is a key gene in compactness of Sistan grape cluster, because it influences on expression of GA gene which leads to increase cluster length and berries size.

Gibberellin causes wide transcriptional modifications in the early stage of grape cluster development

yasuob shiri,,اسماعیل ابراهیمی,Abbasali Emamjomeh,جواد ظهیری
English , Genomics , Year : 2019 , Pages: 0-0, ISSN:0888-7543 Journal Paper

Abstract

Yaghooti grape of Sistan is seedless, early ripening but has compact clusters. To study gibberellin effect on cluster compactness of Yaghooti grape, it has been studied transcriptomic changes in three developmental stages (cluster formation, berry formation and final size of cluster). We found out that 5409 of 22,756 genes in cluster tissue showed significant changes under gibberellin. Finally, it was showed that 2855, 2862 and 497 genes have critically important role on above developmental stages, respectively. GO enrichment analysis showed that gibberellin enhances biochemical pathways activity. Moreover, genes involved in ribosomal structure and photosynthesis rate in cluster tissue were up- and down- regulated, respectively. In addition, we observed location of metabolomic activities was transferred from nucleus to cytoplasm and from cytoplasm to cell wall and intercellular spaces during cluster development; but there is not such situation in gibberellin treated samples.

Microscopy and its Application in Microbiology and Medicine From Light to Quantum Microscopy: A Mini- Review

yasuob shiri,,محبوبه مهرگان,علی رجبی
IRAN , Avicenna Journal of Clinical Microbiology and Infection , Year : 2019 , Pages: 133-137, ISSN:2383-0298 Journal Paper

Abstract

The invention of the microscope was a great help to science to reach a new extension, especially biology. By employing microscopes, the researchers were able to prove new dimensions of living such as a microorganism, work, and cell study, and go in-depth of the minute part of fungi, plants or even the animals. In the mid-20th century, the electron was a great help and opened a new horizon. The scanning microscopes are even more delicate and sophisticated and also have higher magnification power compared to light microscopes. Basically, microscopes utilize the simply visible rays which refract the lenses, X-rays, electron, and infrared rays. In addition, they are designed to detect smaller and smaller particles and structures. Further, scanning electron microscopes are capable of resolving viruses which are extremely smaller than any microorganism and cell, they can enlarge the view of small viruses, which allows the researcher and scientists to develop the cure or a new vaccine for related diseases in animals or even humans. Furthermore, scanning electron microscopes have the power of magnification even till million times, almost molecule size, viruses and also nanoparticles. Moreover, they use software for correcting and enhancing the magnification and resolution of the image. The software helps to view the desired objects even if they are a few molecules thick. This mini-review extensively discusses each type and their different available classifications.

بررسي تنوع آللي و شناسايي زيرواحدهاي سنگين گلوتنين در اقام زراعي گندم نان ايران با استفاده از نشانگرهاي اختصاصي

یعثوب شیری,محمود سلوکی
هشتمين همايش ملي بيوتكنولوژي و چهارمين همايش ملي ايمني زيستي ايران ، سال : 2013 مقاله کنفرانسی

چکیده

بررسي تنوع ژنتيكي زيرواحدهاي سنگين گلوتنين در برخي از گندم هاي دوروم ايران با استفاده از نشانگرهاي اختصاصي

یعثوب شیری,محمود سلوکی
ثبت نشده ، سال : -0001 مقاله کنفرانسی

چکیده

بررسي اثر ضدميكروبي عصاره گياهي سنا بر روي پاتوژن هاي بيماري زا

یعثوب شیری
نخستين همايش ملي كاربرد گياهان دارويي در سبك زندگي و طب سنتي ، سال : 2013 مقاله کنفرانسی

چکیده

بررسي فعاليت ضدميكروبي اسانس مرزه در برابرپاتوژن هاي انساني

یعثوب شیری
ثبت نشده ، سال : -0001 مقاله کنفرانسی

چکیده

بررسي اثر ضدميكروبي اسانس زنيان در برابر باكتري هاي مقاوم به آنتي بيوتيك هاي مختلف

یعثوب شیری
ثبت نشده ، سال : -0001 مقاله کنفرانسی

چکیده

New methods of sequencing and new bioinformatics studies in Yaghooti grape transcriptome

Abbasali Emamjomeh,yasuob shiri
هشتمین همایش بیوانفورماتیک ایران , Year : 2019 Conferance Paper

Abstract

Recently revolutionary technologies are simultaneously appearing in novel methods of sequencing, called massively parallel sequencing. New sequencing methods are widely used to sequence unknown genomes and investigate the location of protein and DNA interactions. More recently, an increasing number of studies have demonstrated the potential for the sequencing of total cDNA to observe the whole transcriptome. In a RNA-Seq experiment, it can be derived not only an accurate, quantitative measurement of individual gene expression, but also it can be discovered the novel transcribed regions. Moreover, this methodology provides a comprehensive studying for alternative splicing sites. We have reviewed an overview of transcriptomic analysis methods and the benefits of new techniques compared by old methods in the grapevine transcriptome studies. Finally, we will describe our experience using the RNA-Seq method to evaluate Yaghooti grape transcriptome. This experiment was to identify the mechanism involved in the grape cluster compactness. The results indicated that AG gene controls the cluster compactness in Yaghooti grapevine.

مهار گلدهی در انگور یاقوتی توسط ژن FLC

عباسعلی امام جمعه,نوشین کلکلی,یعثوب شیری,محمود سلوکی
ششمین کنفرانس ملی فیزیولوژی گیاهی ایران ، سال : 2019 مقاله کنفرانسی

چکیده

انگور یاقوتی به شدت مقاوم به گرما بوده و دارای یکی از متراکم ترین خوشه های انگور در دنیا می باشد. این تراکم خوشه، باعث بروز انواع بیماری ها در این گیاه می گردد. محلول پاشی اسید آبسیزیک در انگور سبب کاهش تعداد حبه ها بر روی خوشه انگور و همچنین یکنواختی رشد و اندازه حبه ها می گردد. البته این کاهش تراکم خوشه، به مرحله رشدی خوشه مربوط می باشد. از طرفی دیگر، ژن FLOWERING LOCUS C (FLC) یک فاکتور رونویسی مهار کننده گلدهی در آرابیدوپسیس است؛ در این تحقیق نقش تیمار هورمونی اسید آبسیزیک بر بیان ژن FLC در سه مرحله رشدی قبل از گلدهی، گلدهی و بعد از گلدهی مورد بررسی قرار گرفته است. نتایج آنالیزهای بیان ژنهای درگیر در گلدهی انگور یاقوتی، نشان از افزایش بیان ژن FLC تحت تاثیر تیمار اسید آبسیزیک دارد. افزایش بیان ژن FLC تحت تاثیر تیمار اسید آبسیزیک، بیان ژن LFY را که با همکاری ژن AP1 محرک تمایز مریستم گل هستند را سرکوب می کند. افزایش بیان ژن FLC تحت تاثیر تیمار ABA در مرحله تحریک مریستم گل به روشنی از نقش این هورمون در سرکوب گلدهی در انگور یاقوتی حکایت دارد؛ بازسازی و تحلیل شبکه ژنی مربوط به ژن های درگیر نیز انجام شد. در این شبکه ژنی، نقش کلیدی این ژن در نیاز سرمایی گیاه برای آغاز فرایند گلدهی مشاهده شده است. قبل از بهاره سازی، ژن FLC از تبدیل مریستم انتهایی به یک ساختار زایشی ممانعت می کند. پس از سپری کردن یک زمستان سرد، در بهار، بیان ژن FLC سرکوب شده و گیاهان قادر به گلدهی می شوند.

شنبه

یکشنبه

دوشنبه

سه شنبه

چهارشنبه

پنجشنبه

  •    شماره تماس:
  •    شماره داخلی:_
  •    نمابر:_
  •   پست الکترونیک:yasob.shiri@uoz.ac.ir